Kaplan Meier Schätzer

Allgemeine Statistik mit R, die Test-Methode ist noch nicht bekannt, ich habe noch keinen Plan!

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Hendrik711
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Kaplan Meier Schätzer

Beitrag von Hendrik711 » Mi Aug 09, 2017 6:51 pm

Hallo Leute,

ich bin Neu hier und weis nicht so genau ob mein Thema hier richtig ist. Ich möchte den Kaplan-Meier-Schätzer anwenden.
Ganz einfaches Beispiel:

Code: Alles auswählen

rm(list=ls(all=TRUE))
library(survival)
zeiten <- c(7, 3, 24, 19, 8, 7, 11, 19)
delta <- c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0)
survivalobjekt <- Surv(zeiten, delta)
km1 <- survfit(survivalobjekt ~ 1)
plot(x=km1, col=c("black", "red", "red"), xlab="x", ylab="S(x)", lty=1)

Jetzt habe ich zwei Probleme.
1) Die zensierten Eintrage werden nicht angezeigt.
2) Konfidenzintervall bricht ab

Das habe ich: Bild

Das sollte raus kommen: Bild

Wäre echt super wenn einer sagen kann, woran das liegt.
Mfg Hendrik

Hendrik711
Beiträge: 4
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Re: Kaplan Meier Schätzer

Beitrag von Hendrik711 » Fr Aug 11, 2017 6:40 pm

So das mit dem Konfidenzintervallen:

Code: Alles auswählen

Call: survfit(formula = survivalobjekt ~ 1)

 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
    3      8       1    0.875   0.117        0.673        1.000
    7      7       2    0.625   0.171        0.365        1.000
    8      5       1    0.500   0.177        0.250        1.000
   19      3       1    0.333   0.180        0.116        0.961
   24      1       1    0.000     NaN           NA           NA
Die Konfidenzintervalle klappen nicht, wegen diesen NA. Wie ignoriere ich die? ich würde gerne gerade
Linien haben, wie bei dem Bild im ersten Beitrag.

Liebe Grüße, Hendrik

jogo
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Re: Kaplan Meier Schätzer

Beitrag von jogo » Sa Aug 12, 2017 11:24 am

Hallo Hendrik,

willkommen im Forum!
Hendrik711 hat geschrieben:
Fr Aug 11, 2017 6:40 pm
So das mit dem Konfidenzintervallen:

Code: Alles auswählen

Call: survfit(formula = survivalobjekt ~ 1)

 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
    3      8       1    0.875   0.117        0.673        1.000
    7      7       2    0.625   0.171        0.365        1.000
    8      5       1    0.500   0.177        0.250        1.000
   19      3       1    0.333   0.180        0.116        0.961
   24      1       1    0.000     NaN           NA           NA
Die Konfidenzintervalle klappen nicht, wegen diesen NA. Wie ignoriere ich die?
Vielleicht hilft na.omit() oder Du könntest in diesem Fall versuchen, die letzte Beobachtung explizit zu löschen.

Gruß, Jörg

Hendrik711
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Re: Kaplan Meier Schätzer

Beitrag von Hendrik711 » Sa Aug 12, 2017 6:40 pm

Danke für deine Antwort Jörg!

Sorry ich bin echt nicht geübt mit R. Kannst du vielleicht genauer sagen, wie das funktionieren soll?
Ich habe jetzt einfach na.omit(km1) probiert, aber die NA´s bleiben trotzdem da.

Liebe grüße
Hendrik

jogo
Beiträge: 433
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Re: Kaplan Meier Schätzer

Beitrag von jogo » So Aug 13, 2017 7:55 am

Hallo Hendrik,

zur Zeit kämpfe ich noch damit, die gleichen Ergebnisse herauszubekommen, wie Du sie hier präsentierst. Bei mir gibt es immer nur:

Code: Alles auswählen

> survfit(formula = survivalobjekt ~ 1)
Call: survfit(formula = survivalobjekt ~ 1)

      n  events  median 0.95LCL 0.95UCL 
    8.0     6.0    13.5     7.0      NA 
Gruß, Jörg

Hendrik711
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Registriert: Mi Aug 09, 2017 6:40 pm

Re: Kaplan Meier Schätzer

Beitrag von Hendrik711 » Mi Aug 16, 2017 7:01 pm

Da musst du einfach nur summary(km1) eingeben. Aber Danke echt für dein Bemühen! Ich habe schon die Lösungen gefunden. Package ggfortify löst das Problem!

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