Fehlermeldung "NAs introduced by coercion"

[sabrina5678]

Hallo!

Ich benutze diesen Datensatz:
https://www.dropbox.com/s/qeciwezjg6pfx ... r.sav?dl=0

mit folgenden Paketen:

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library(car); library(ggplot2); library(haven); library(lavaan); library(psych); library(pwr)

Wenn ich nun einen Datensatz erstellen möchte, kommt diese Fehlermeldung:
"NAs introduced by coercionError: Can't use numeric NA as column index with `[`."

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d <- data.frame(
  female = d_raw$d10 - 1, 
  sex = factor(d_raw$d10, labels = c("male", "female")), 
  age = d_raw$d11,
  iNet_info <- recode(d_raw$qc10, "7='iNet'; 6='sozNet'; c(1,2,3,4,5,8,9,10,11)='sonst'"),
  impf_einst = rowMeans(d_raw[vars_impf_einst], na.rm = TRUE),
  Impf_zuv = recode(d_raw$qc2, "1=5; 2=4; 3=3; 4=2; 5=1; 6=NA")
)

Die eingespeisten Variablen habe ich davor wie folgt definiert:

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# Speichern der Ausgangsdaten als "d_raw"
d_raw <- read_spss("eurobarometer.sav")

#Impfeinstellung definieren: (5 als fehlender Wert behandeln, da dieser die Ausprägung "Don't know"hat): 
d_raw$qc8_1[d_raw$qc8_1==5]<-NA
d_raw$qc8_2[d_raw$qc8_2==5]<-NA
d_raw$qc8_3[d_raw$qc8_3==5]<-NA
d_raw$qc8_4[d_raw$qc8_4==5]<-NA
d_raw$qc8_5[d_raw$qc8_5==5]<-NA

vars_impf_einst <- c(d_raw$qc8_1, d_raw$qc8_2, d_raw$qc8_3, d_raw$qc8_4, d_raw$qc8_5) 

#Internet und Social Media als vertrauenswürdigste Inmpf-Informationsquellen definieren:

iNet_info <- recode(d_raw$qc10, "7='iNet'; 6='sozNet'; c(1,2,3,4,5,8,9,10,11)='sonst'")


#Erwartung der Impf-Zuverlässigkeit (5 und 6 als fehlenden Wert behandeln)

d_raw$qc2[d_raw$qc2==6]<-NA 
d_raw$qc2[d_raw$qc2==5]<-NA

Impf_zuv <- car::recode(d_raw$qc2, "1=4; 2=3; 3=2; 4=1; 5=NA; 6=NA") 

Hat jemand eine Idee, was ich ändern muss, um die Fehlermeldung wegzubekommen?

Vielen Dank im Voraus!

[jogo]

Hallo Sabrina,

auf die Schnelle würde ich sagen, es sollte

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vars_impf_einst <- c("qc8_1", "qc8_2", "qc8_3", "qc8_4", "qc8_5")

heißen.

Übrigens bekomme ich bei Deinem ursprünglichen Code den Fehler:

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Fehler: Can't use numeric NA as column index with `[`.
Call `rlang::last_error()` to see a backtrace

Da ist noch ein Fehler, es muss heißen:

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  iNet_info = recode(d_raw$qc10, "7='iNet'; 6='sozNet'; c(1,2,3,4,5,8,9,10,11)='sonst'"),

Wenn Du die haven_labelled-Objekte loswerden willst, empfehle ich:

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d <- data.frame(
  female = as.numeric(d_raw$d10) - 1, 
  sex = factor(d_raw$d10, labels = c("male", "female")), 
  age = as.numeric(d_raw$d11),
  iNet_info = recode(as.numeric(d_raw$qc10), "7='iNet'; 6='sozNet'; else='sonst'"),
  impf_einst = rowMeans(d_raw[vars_impf_einst], na.rm = TRUE),
  Impf_zuv = recode(as.numeric(d_raw$qc2), "1=5; 2=4; 3=3; 4=2; 5=1; 6=NA")
)

Vielleicht gefällt Dir bei $female ein logic:

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  female = as.numeric(d_raw$d10) == 2, 

Du behandelst $qc2 zweimal, einmal im originalen Dataframe:

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#Erwartung der Impf-Zuverlässigkeit (5 und 6 als fehlenden Wert behandeln)
d_raw$qc2[d_raw$qc2==6]<-NA 
d_raw$qc2[d_raw$qc2==5]<-NA

und einmal bei der Erstellung des neuen Dataframes. Auch generierst Du das Objekt Impf_zuv auch nochmal außerhalb des neuen Dataframes.

Bei mir sieht es derzeit so aus:

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library(haven); library(car); 
# library(ggplot2); library(lavaan); library(psych); library(pwr)

# Speichern der Ausgangsdaten als "d_raw"
d_raw <- read_spss("eurobarometer.sav")

#Impfeinstellung definieren: (5 als fehlender Wert behandeln, da dieser die Ausprägung "Don't know"hat): 
vars_impf_einst <- paste0("qc8_", 1:5)
is.na(d_raw[, vars_impf_einst]) <- as.matrix(d_raw[, vars_impf_einst])==5

d <- data.frame(
  female = as.numeric(d_raw$d10) == 2, 
  sex = factor(d_raw$d10, labels = c("male", "female")), 
  age = as.numeric(d_raw$d11),
  iNet_info = recode(as.numeric(d_raw$qc10), "7='iNet'; 6='sozNet'; else='sonst'"),
  impf_einst = rowMeans(d_raw[vars_impf_einst], na.rm = TRUE),
  Impf_zuv = recode(as.numeric(d_raw$qc2), "1=5; 2=4; 3=3; 4=2; 5=1; 6=NA")
)

Gruß, Jörg

[sabrina5678]

Hey Jörg,

danke für deine Hilfe.

Wenn ich folgenden/deinen data.frame erstellen möchte

Code: Alles auswählen

library(haven); library(car); 
# library(ggplot2); library(lavaan); library(psych); library(pwr)

# Speichern der Ausgangsdaten als "d_raw"
d_raw <- read_spss("eurobarometer.sav")

#Impfeinstellung definieren: (5 als fehlender Wert behandeln, da dieser die Ausprägung "Don't know"hat): 
vars_impf_einst <- paste0("qc8_", 1:5)
is.na(d_raw[, vars_impf_einst]) <- as.matrix(d_raw[, vars_impf_einst])==5

d <- data.frame(
  female = as.numeric(d_raw$d10) == 2, 
  sex = factor(d_raw$d10, labels = c("male", "female")), 
  age = as.numeric(d_raw$d11),
  iNet_info = recode(as.numeric(d_raw$qc10), "7='iNet'; 6='sozNet'; else='sonst'"),
  impf_einst = rowMeans(d_raw[vars_impf_einst], na.rm = TRUE),
  Impf_zuv = recode(as.numeric(d_raw$qc2), "1=5; 2=4; 3=3; 4=2; 5=1; 6=NA")
)

erhalte ich jedoch immernoch die Fehlermeldung "NAs introduced by coercion". Kann ich diese dann einfach ignorieren, bzw. erhälst du diese Fehlermeldung nicht?

Die Ausprägungen der Variable vars_impf_einst sollte ich zusätzlich noch rekodieren, also 1=4; 2=3; 3=2; 4=1, und 5 wie gehabt als fehlenden Wert.
An welcher Stelle füge ich denn dann die Rekodierung am besten ein? Ich nehme an, erst bei der Erstellung des data.frame ? Wenn ja, einfach nach dem Befehl na.rm=True?
Also praktisch so?:

Code: Alles auswählen

d <- data.frame(
  female = as.numeric(d_raw$d10) == 2, 
  sex = factor(d_raw$d10, labels = c("male", "female")), 
  age = as.numeric(d_raw$d11),
  iNet_info = recode(as.numeric(d_raw$qc10), "7='iNet'; 6='sozNet'; else='sonst'"),
  impf_einst = rowMeans(d_raw[vars_impf_einst], na.rm = TRUE, "1=4; 2=3; 3=2; 4=1"),
  Impf_zuv = recode(as.numeric(d_raw$qc2), "1=5; 2=4; 3=3; 4=2; 5=1; 6=NA")
)

[jogo]

Hallo Sabrina,

Wenn ich folgenden/deinen data.frame erstellen möchte

Code: Alles auswählen

library(haven); library(car); 
# library(ggplot2); library(lavaan); library(psych); library(pwr)

# Speichern der Ausgangsdaten als "d_raw"
d_raw <- read_spss("eurobarometer.sav")

#Impfeinstellung definieren: (5 als fehlender Wert behandeln, da dieser die Ausprägung "Don't know"hat): 
vars_impf_einst <- paste0("qc8_", 1:5)
is.na(d_raw[, vars_impf_einst]) <- as.matrix(d_raw[, vars_impf_einst])==5

d <- data.frame(
  female = as.numeric(d_raw$d10) == 2, 
  sex = factor(d_raw$d10, labels = c("male", "female")), 
  age = as.numeric(d_raw$d11),
  iNet_info = recode(as.numeric(d_raw$qc10), "7='iNet'; 6='sozNet'; else='sonst'"),
  impf_einst = rowMeans(d_raw[vars_impf_einst], na.rm = TRUE),
  Impf_zuv = recode(as.numeric(d_raw$qc2), "1=5; 2=4; 3=3; 4=2; 5=1; 6=NA")
)

erhalte ich jedoch immernoch die Fehlermeldung "NAs introduced by coercion". Kann ich diese dann einfach ignorieren, bzw. erhälst du diese Fehlermeldung nicht?

richtig, ich erhalte die Fehlermeldung nicht.
Fehlermeldungen dieser Art sind durchaus beachtenswert.

Ist denn die Datei, die Du einliest identisch mit der, die Du in die Dropbox gestellt hast?

Gruß, Jörg

[sabrina5678]

Hey Jörg,

ja, das ist der identische Datensatz.
Mir ist aufgefallen, dass die Fehlermeldung immer nur in einem R-Markdown Dokument erscheint. Wenn ich den dataframe in einem R-Skript erstelle, erhalte ich auch keine Fehlermeldung.
Da ich das Dokument abschließend jedoch knittn muss, muss ich ein R-Markdown Dokument benutzen..

Kann dies denn möglich sein, dass es an dem R-Markdown liegt mit der Fehlermeldung?

Lg

[jogo]

Hallo Sabrina,

es gibt zumindest Umstände, die dazu führen, dass beim Stricken die Umgebung etwas anders aussieht als beim Abarbeiten des R-Skriptes.
https://stackoverflow.com/search?q=%5Br ... n+knitting

Gruß, Jörg

[bigben]

Hi!

Kann dies denn möglich sein, dass es an dem R-Markdown liegt mit der Fehlermeldung?

Würde es denn sehr weh tun, Jörgs Code außerhalb von Markdown in der Console auszuprobieren? Das würde die Frage doch schneller beantworten als ein Post hier.

LG,
Bernhard

[jogo]

Hallo Bernhard,

soweit ich die vorherige Nachricht von Sabrina verstanden habe, hat sie das getan.
"Wenn ich den dataframe in einem R-Skript erstelle, erhalte ich auch keine Fehlermeldung."

Gruß, Jörg

[sabrina5678]

Hallo zusammen,

wie Jörg es richtig verstanden hat, habe ich dies bereits ausprobiert.
Die Fehlermeldung erscheint bei mir jedoch sofort im R-Markdown und nicht erst beim knitten des Dokuments (wie es der Link thematisiert von dir Jörg).

Was es auf sich hat mit der Fehlermeldung im R-Markdown und ich anders machen sollte, bekomme ich folglich leider nicht raus -.-
Für jegliche Ideen und Tipps, wäre ich daher sehr dankbar!


Lg

[jogo]

Hallo Sabrina,

da wir diesen Fehler nicht reproduzieren können, ist es unmöglich dezidierte Hinweise zu geben.
Mein Vorgehen in so einer Situation wäre:
- Versionsnummern von RStudio (und eventuell auch von R) überprüfen, ggf. aktualisieren
- Code-chunks soweit reduzieren/eleminieren, um das Problem einzugrenzen
- Code-chunks, die Diagnoseinfo liefern, einbauen. getwd(); sessionInfo()
- frisches RMarkdown-Dokument aufsetzen bis zum ersten Code-chunk, ...

Gruß, Jörg