Contingency Table

[danilov]

Ich habe zwei reader die jeweils Bewertungen der gleichen Patienten auf einer Ordinalskala von 1-4 vergeben (nicht alle Patienten werden bewertet). Die Daten (Typ int) schauen etwa so aus

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     readerA readerB
1       NA      NA
2       NA      NA
3       NA      NA
4        2       2
5       NA      NA
6       NA      NA
7       NA      NA
8       NA      NA
9       NA      NA
10      NA      NA
11      NA      NA
12      NA      NA
13      NA      NA
14       2       1
15       2       1
16       1       4
17      NA      NA
18       2       3
19       2       2
20      NA      NA
21      NA      NA
22       3       2
23       2       1
24      NA      NA
25      NA      NA
26      NA      NA
27      NA      NA
28      NA      NA
29      NA      NA
30      NA      NA
31      NA      NA
32      NA      NA
33      NA      NA
34      NA      NA
35      NA      NA
36       3       1
37      NA      NA
38      NA      NA
39       2       1
40       3       3
41      NA      NA
42       2       2
43       2       2
44      NA      NA
45       2       2
46      NA      NA
47      NA      NA
48      NA      NA
49      NA      NA
50      NA      NA
51      NA      NA
52      NA      NA
53      NA      NA
54      NA      NA
55      NA      NA
56       3       2
57      NA      NA
58       2       2
59       2       1
60       2       1
61      NA      NA
62      NA      NA
63      NA      NA
64       2       2
65      NA      NA
66      NA      NA
67       1       2

Ich würde das Agreement der Reader gerne mit dem weighted Kappa bestimmen. Dafür benötige ich eine Contingency Tabelle der Daten. Ein

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table(name_des_datenframes)

liefert mit eine solche Tabelle:

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       readerB
readerA 1 2 3 4
      1 0 1 0 1
      2 6 7 1 0
      3 1 2 1 0

Ein vcd::Kappa(name_der_contingency_table) bringt aber die Fehlermeldung

Fehler in crossprod(colFreqs, rowFreqs) : nicht passende Argumente

. Ich würde vermuten, weil die Tabelle nicht 4x4 sondern 4x3 ist (weil ReaderA hier keine 4 vergeben hat).
Kann mir jemand helfen das Problem zu lösen?

[bigben]

Ich würde vermuten, weil die Tabelle nicht 4x4 sondern 4x3 ist (weil ReaderA hier keine 4 vergeben hat).
Kann mir jemand helfen das Problem zu lösen?

Hallo Danilo,

Wenn Du table mit einem Factor fütterst, dann werden laut Voreinstellung immer alle Faktorlevel gezählt und ausgegeben. Etwa so:

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readerA <- c(1, 2, 1)
readerB <-c(1, 2, 3)


A <- factor(c(1, 2, 1), levels = c(1, 2, 3, 4, 5, 6))
B <- factor(c(1, 1, 1), levels = c(1, 2, 3, 4, 5, 6))

table(A, B)

Das wird dann zu

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> table(A, B)
   B
A   1 2 3 4 5 6
  1 2 0 0 0 0 0
  2 1 0 0 0 0 0
  3 0 0 0 0 0 0
  4 0 0 0 0 0 0
  5 0 0 0 0 0 0
  6 0 0 0 0 0 0

obwohl ja die meisten dieser Werte gar nicht vorkamen.

HTH,
Bernhard

[danilov]

Vielen Dank, die Konversion der Integer zu Faktoren und das manuelle Hinzufügen der fehlenden Levels hat funktioniert. Jetzt klappt es!