Hi,
Problem pdf-Export
Ich habe jetzt mal einen anderen Rechner genutzt. Dort wird mir dutzende Male die gleiche Fehlermeldung ausgegeben:
In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), ... : Zeichensatzfamilie in der Windows Zeichensatzdatenbank nicht gefunden
Immerhin wird der Plot auf dem anderen Rechner mit dem Cairo pdf Service unter Rstudio als pdf ordentlich exportiert.
Problem Formelumwandlung:
Ich habe meinem Plot eine Formel hinzugefügt damit jeder die Kopienanzahl selbst ausrechnen kann wenn er selbst bestimmte Ct-Werte erhält.
Leider entsteht bei der Ploterstellung folgende Formel: y=c(54.53)+c(-1.504)x, r^2 =0.99
Die beiden "c" sollten so in der Formel aber nicht auftauchen.
Code: Alles auswählen
library(Rcpp)
library(rlang)
library(gcookbook)
library(ggplot2)
library(hrbrthemes)
library(magick)
library(plyr)
library(dplyr)
library(MASS)
library(scales)
library(Cairo)
library(extrafont)
extrafont::loadfonts()
font_import()
loadfonts()
#Dateneingabe
Konz_x <- c(47143480, 4714348, 4714, 2357, 1179, 471)
CT_Wert_y <- c(18.68, 22.595, 33.004, 34.290, 35.369, 35.271)
data.frame(Konz_x, CT_Wert_y)
p <- data.frame(Konz_x, CT_Wert_y)
p
#Model-Erstellung für Formeldarstellung in plot
model <- lm(CT_Wert_y ~ log(Konz_x))
summary(model)
model
eqn <- as.character(as.expression(substitute(italic(y)==a+b*italic(x)*"," ~~ italic(r)^2~ "=" ~ r2,
list(a = format(coef(model) [1], digits = 4), b = format(coef(model)[2], digits = 4), r2 = format(summary(model)$r.squared, digits = 2)
))))
eqn
parse(text = eqn)
#Plot-Erstellung
point <- ggplot(p, aes(x=Konz_x, y=CT_Wert_y))
point + geom_point() + annotation_logticks(sides = "b") + scale_x_log10() + stat_smooth(method=lm, se=0.99, colour="purple") +
labs(title = 'Linearity Plot of FTD-Kit Data',
subtitle = 'Linearity Plot to find Range of Linearity with Coefficient of Determination',
x = 'Copies/ml patient sample',
y = 'Ct-value',
caption = 'NAME / NAME@ADRESSE.com') +
annotate("text", label = eqn, parse = TRUE, x=2600 , y=20.5) +
theme_ipsum() +
theme(plot.title = element_text(color = "#3a4fa7ff"), plot.caption = element_text(color = "#3a4fa7ff", face = 'bold'))
logo <-image_read("C:/User/Bilddatei")
grid::grid.raster(logo, x = 0.87, y = 0.88, just = c('left', 'bottom'), width = unit(0.8, 'inches'))
Habt ihr eine Idee?
Edit: Den Code für die Formel habe ich aus dem R Graphics Cookbook