Deutsches R-Forum

Hallo an alle,

ich habe mit R eine Klassifikation meiner Vegetationsdaten durchgeführt.

• mdist <- vegdist(schlagmat)
  mclust <- hclust(mdist, method = "average")
  mgroup <- cutree(mclust, 7)

Nun möchte ich mir gerne eine synoptische Tabelle mit den 7 Gruppen erstellen (mit Prozenten (1-100%), Klassen (IV), maximalen Deckungs- (1-100%) und Treuegraden (fidelity)).

Gibt es dafür eine Funktion in R? (Finde es umständlich die Daten in JUICE zu importieren um dies zu machen).

Viele Grüße
AW

Hallo AW,

willkommen im Forum!
Kannst Du bitte ein Beispiel mit konkreten Zahlen geben? Den Begriff "synoptische Tabelle" musste ich erst googeln. Meinst Du so etwas wie hier:
https://www.ahv-iv.ch/de/Merkbl%C3%A4tt ... s%C3%A4tze


Gruß, Jörg

Hallo Jörg,

in synoptischen Tabellen versucht man die bei der Klassifikation gewonnen Vegetations-Gruppen weiter zu sortieren. Man schaut, insbesondere auf die prozentuale Konstanz von Arten innerhalb von Clustern/Gruppen, als auch auf die Fidelity (Treuegrad).
Nachfolgend eine ausführliche Beschreibungen (für ein anderes Programm JUICE). Ich wollte gern wissen, ob es dafür auch in R schon Funktionen gibt?

http://www.sci.muni.cz/botany/juice/JCman2011_2nd.pdf
--> siehe Kapitel 2.2

Viele Grüße,
AW

Hallo AW,

ist das hier brauchbar?
https://rdrr.io/rforge/vegsoup/man/fidelity.html
https://rdrr.io/rforge/vegsoup/man/vegsoup-package.html

Gruß, Jörg

Das darin erwähnte indicspecies package könnte was für dich sein. (Muss für indval nach dufrene ja auch die fidelity berechnen)

Danke euch!