Multivariate Meta-analyse

Varianzanalyse, Diskriminanzanalyse, Kontingenzanalyse, Faktorenanalyse, Clusteranalyse, MDS, ....

Moderator: EDi

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liso
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Registriert: Sa Feb 10, 2018 2:37 pm

Multivariate Meta-analyse

Beitrag von liso » Sa Feb 10, 2018 2:47 pm

Hi,

Ich habe eine Frage bezüglich einer Multivariaten Meta-Analsyse mit rma.mv (metafor).
Wir haben outcomes die nicht nur zwischen den Studien (trial) variieren, sondern auch zwischen Subjekten. In anderen Worten, es gibt outcomes die in einem Subjekt zweimal gemessen wurden mit verschiedenen Methoden (mRNA, protein). Dies trifft nur auf ein paar Studien zu, während andere nur eine Methode benutzt haben.
Gerne würde ich fragen, wie man dies behandelt?
Bis jetzt habe ich 'trial' als random variable.
Anbei sende ich den Code und ein Test Datenset.
test.xlsx
(21.79 KiB) 16-mal heruntergeladen

Vielen Dank im Voraus
Lisa



> rm(list = ls())
> library(metafor)
> library(readxl)
> dat1 <- read_excel("Documents/00_Data/12_MetaAnalysis/Data/test.xlsx",sheet = "BD_sorted")
>
> yi <- dat1$SMD
> V <- dat1$Variance
> W<-dat1$NoPatients
> res <- rma.mv(yi, V, W,mods = ~ Gen - 1, random =~ Gen | trial, struct="UN", data=dat1)
> res



Multivariate Meta-Analysis Model (k = 53; method: REML)

Variance Components:

outer factor: trial (nlvls = 11)
inner factor: Gen (nlvls = 4)

estim sqrt k.lvl fixed level
tau^2.1 0.2331 0.4828 5 no NDUFA1
tau^2.2 0.0009 0.0303 10 no NDUFS1
tau^2.3 0.0147 0.1212 17 no NDUFV1
tau^2.4 0.0595 0.2440 21 no NDUFV2

rho.NDUFA rho.NDUFS rho.NDUFV1 rho.NDUFV2 NDUFA NDUFS NDUFV1 NDUFV2
NDUFA1 1 0.5679 0.9493 0.9989 - no no no
NDUFS1 0.5679 1 0.2804 0.6060 1 - no no
NDUFV1 0.9493 0.2804 1 0.9335 1 4 - no
NDUFV2 0.9989 0.6060 0.9335 1 2 4 5 -

Test for Residual Heterogeneity:
QE(df = 49) = 119.9290, p-val < .0001

Test of Moderators (coefficient(s) 1:4):
QM(df = 4) = 11.8456, p-val = 0.0185

Model Results:

estimate se zval pval ci.lb ci.ub
GenNDUFA1 0.4482 0.3377 1.3272 0.1845 -0.2137 1.1100
GenNDUFS1 -0.1999 0.0641 -3.1211 0.0018 -0.3255 -0.0744 **
GenNDUFV1 0.0145 0.0779 0.1857 0.8527 -0.1382 0.1671
GenNDUFV2 -0.0109 0.1272 -0.0854 0.9319 -0.2601 0.2383

---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

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EDi
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Re: Multivariate Meta-analyse

Beitrag von EDi » So Feb 11, 2018 4:20 pm

Wenn's nur 2 sind könnte man auch 2 Modelle rechnen.
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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