Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

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Werekorden
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Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

Beitrag von Werekorden »

Hi,

ich habe einen funktionierenden Code aber bekomme trotzdem eine Meldung finde aber keinen Weg die ganze Sache anders zu machen ohne Meldung bzw. weiß nicht ob die Meldung nicht doch irgendwann einen Effekt haben könnte.

Ich will am Ende eine ANOVA-Zusammenfassung aus den Ergebnissen, die mit dem Paket VCA erstellt wurden. Das klappt auch aber es gibt die Fehlermeldung wenn Zeile 136 ausgeführt wird:
Setting row names on a tibble is deprecated.
Es gibt bestimmt elegantere Lösungen aber immerhin hab ich es hinbekommen, wenn nicht die Warnmeldung wäre

Code: Alles auswählen

library(VCA)
library(broom)
library(dplyr)
library(kableExtra)

DAT <- read.table(header = TRUE, dec = ",", text = 
                        "Tag	Lauf	Wert
1	1	24,8
1	1	24,5
1	2	24,9
1	2	25,1
2	1	25,2
2	1	25,0
2	2	24,9
2	2	24,5
3	1	24,4
3	1	24,9
3	2	24,8
3	2	24,5
4	1	24,9
4	1	25,1
4	2	25,2
4	2	25,0
5	1	24,9
5	1	24,5
5	2	24,4
5	2	24,9
6	1	24,8
6	1	24,5
6	2	24,9
6	2	25,1
7	1	25,2
7	1	25,0
7	2	24,9
7	2	24,5
8	1	24,4
8	1	24,9
8	2	24,8
8	2	24,5
9	1	24,9
9	1	25,1
9	2	25,2
9	2	25,0
10	1	24,9
10	1	24,5
10	2	24,4
10	2	24,9
11	1	24,8
11	1	24,5
11	2	24,9
11	2	25,1
12	1	25,2
12	1	25,0
12	2	24,9
12	2	24,5
13	1	24,4
13	1	24,9
13	2	24,8
13	2	24,5
14	1	24,9
14	1	25,1
14	2	25,2
14	2	25,0
15	1	24,9
15	1	24,5
15	2	24,4
15	2	24,9
16	1	24,8
16	1	24,5
16	2	24,9
16	2	25,1
17	1	25,2
17	1	25,0
17	2	24,9
17	2	24,5
18	1	24,4
18	1	24,9
18	2	24,8
18	2	24,5
19	1	24,9
19	1	25,1
19	2	25,2
19	2	25,0
20	1	24,9
20	1	24,5
20	2	24,4
20	2	24,9
")


# fit 20 x 2 x 2 model to data
fit.SS1 <- fitVCA(Wert~Tag/Lauf, DAT)
# estimate 95% confidence intervals, request CI for
# all variance components via 'VarVC=TRUE'
inf.SS1 <- VCAinference(fit.SS1, VarVC=TRUE)


#Freiheitsgrade ziehen
wl_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[1,1]
Tag_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[2,1]
Lauf_Tag_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[3,1]
error_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[4,1]
total_df <- error_df + Lauf_Tag_df + Tag_df

#SS (sum of squares due to the source) ziehen
Tag_ss <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[2,2]
Lauf_Tag_ss <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[3,2]
error_ss <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,2]
total_ss <- ((Tag_ss)+(Lauf_Tag_ss)+(error_ss))

#MS (mean sum of squares due to the source) ziehen
Tag_ms <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[2,3]
Lauf_Tag_ms <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[3,3]
error_ms <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,3]

#Übeprüfen ob die "Variance components (VC) positi oder negativ sind siehe CLSI EP05 S.77 unten. Aus diesen wird auch die SD der within-laboratory precision berechnet.
error_v <- error_ms
Lauf_v <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[3,4]
Tag_v <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[2,4]

#Standardabweichung und CV für Repeatability (SD error) und Within-Laboratory precision (sd total)
repeat_sd <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,6]
repeat_cv <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,7]
within_sd <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[1,6]
within_cv <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[1,7]


ss <- round((c(Tag_ss, Lauf_Tag_ss, error_ss, total_ss)), digits = 2)
df <- c(Tag_df, Lauf_Tag_df, error_df, total_df)
ms <- round((c(Tag_ms, Lauf_Tag_ms, error_ms, NA)), digits = 2)
name <- c("Tag", "Lauf", "Error", "Total")


tabelle <- cbind(df, ss,ms)
tabelle <- as_data_frame(tabelle)
rownames(tabelle) <- name
tabelle <-  rownames_to_column(tabelle, var = "C")
tabelle <- as_tibble(tabelle)


tabelle %>%
  mutate_all(linebreak) %>%
  kable(
    "latex",
    booktabs = T,
    linesep = "",
    caption = "ANOVA-Zusammenfassung entsprechend CLSI EP05-A3",
    col.names = linebreak(
      c(
        "Namen",
        "SS",
        "DF",
        "MF"
      ),
      align = "r"
    )
  ) %>%
  kable_styling(latex_options = c("hold_position")) %>% 
  kable_styling(latex_options = "striped", stripe_index = c(2, 4))

VG,
Andreas
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EDi
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Re: Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

Beitrag von EDi »

Diese Zeilen sind etwas "Spaghetti" und nicht sehr klar. Dort rühr auch das problem her:

Code: Alles auswählen

tabelle <- as_data_frame(tabelle)
rownames(tabelle) <- name
tabelle <-  rownames_to_column(tabelle, var = "C")
tabelle <- as_tibble(tabelle)
1. as_data_frame ist depreacted in der neuesten tibble version: https://tibble.tidyverse.org/reference/deprecated.html
2. Wieso brauchst du überhaupt ein tibble hier?
3. Wieso setzt du rownames, wenn du in der nächsten Zeile eine Spalte draus machst? Wieso nicht direkt die Spalte erzeugen?

Diese 4 Zeilen kann man auf 2 (order weniger) reudzieren, damit den Code lesbarer zu machen und gelichzeitig die Warnung umgehen...

Hier ein reduziertes Beispiel:

Code: Alles auswählen

library(tibble)
tabelle <- data.frame(hello = "world")
tabelle <- as_data_frame(tabelle)
rownames(tabelle) <- "Zeile"
tabelle <-  rownames_to_column(tabelle, var = "C")
tabelle <- as_tibble(tabelle)
tabelle

tab <- data.frame(hello = "world")
tab$C <- "Zeile"
as_tibble(tab)

Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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Werekorden
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Re: Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

Beitrag von Werekorden »

Ehrlich gesagt habe ich keine Ahnung warum ich das so gemacht habe, schien die einzige Möglichkeit zu sein, wie ich eine tibble hinbekomme da ich daraus mit kablExtra eine Tabelle für Rmarkdown machen will.

Da ich die Daten aus der ANOVA gezogen habe brauchte ich eine Spalte für die Tabelle mit den Bezeichnungen, das war der Grund.
Ich war wohl einfach nicht mehr richtig bei der Sache.

Danke für die absolute BASIC- Lösung :o hätte mir wirklich selbst einfallen können :( .

Danke trotzdem.

VG
Andreas
bigben
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Re: Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

Beitrag von bigben »

Hallo!
Werekorden hat geschrieben: Mo Aug 30, 2021 9:09 am...schien die einzige Möglichkeit zu sein, wie ich eine tibble hinbekomme da ich daraus mit kablExtra eine Tabelle für Rmarkdown machen will.
Gibt es denn wirklich einen Zusammenhang zwischen kableExtra und tibbles? Ich dachte bisher, dass das mit Matrizen, daraframes, datatables und tibbles gleich funktioniert.

LG, Bernhard
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Programmiere stets so, dass die Maxime Deines Programmierstils Grundlage allgemeiner Gesetzgebung sein könnte
Werekorden
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Registriert: So Feb 04, 2018 7:52 pm

Re: Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

Beitrag von Werekorden »

Ganz ehrlich,

ich habe keine Ahnung.

VG,
Andreas
bigben
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Re: Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

Beitrag von bigben »

Dann braucht es dafür keine Umwandlung. Umso besser 👻
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Programmiere stets so, dass die Maxime Deines Programmierstils Grundlage allgemeiner Gesetzgebung sein könnte
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