horizontale Signifikanz-Linie in Boxplot Graphik

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VerenaSch84
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horizontale Signifikanz-Linie in Boxplot Graphik

Beitrag von VerenaSch84 » Fr Okt 21, 2016 1:32 pm

Hallo,

ich würde gerne in meine Boxplot-Graphik horizontal die Signifikanzen eintragen. Das ist schwer zu beschreiben, daher hier eine Abbildung (oberste Abbildung):

http://stackoverflow.com/questions/2926 ... cant-level

hier mein bereits vorhandener Boxplot:

Code: Alles auswählen

boxplot(st_data.prep.af.dev.1$af ~ st_data.prep.af.dev.1$visit,
        xlab="time-point", ylab="respiratory rate", 
        main="BL - respiratory rate over time\n absolute values")
Besten Dank,
Verena

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EDi
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Re: horizontale Signifikanz-Linie in Boxplot Graphik

Beitrag von EDi » Fr Okt 21, 2016 5:00 pm

Wie es mit ggplot2 (ein ueberaus tolles Grafik-package) geht steht ja im Link.
Du hast eine base-grafik (also das was mit R direkt mitkommt), also hier das gleiche Beispiel wie im Link nur mit base:

Code: Alles auswählen

# boxplot with some space above bars
boxplot(mpg ~ factor(cyl), data = mtcars, 
        ylim = c(min(mtcars$mpg), 46))

# yposition of bars
ypos1 <- 27
ypos2 <- 38
ypos3 <- 42
# plot bars
segments(2, ypos1, 3, ypos1)[attachment=0]Rplot.png[/attachment]
text(2.5, ypos1, 'n.s',  adj = c(0.5, -0.1))
segments(1, ypos2, 2, ypos2)
text(1.5, ypos2, '**', adj = c(0.5, 0.3))
segments(1, ypos3, 3, ypos3)
text(2, ypos3, '*', adj = c(0.5, 0.3))
Die x-coordinate im barplot sind 1, 2, 3, ...
'adj' verschiebt ein wenig die text-position ueber die bars.
Dateianhänge
Rplot.png
Rplot.png (3.43 KiB) 1611 mal betrachtet
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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bigben
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Re: horizontale Signifikanz-Linie in Boxplot Graphik

Beitrag von bigben » Sa Okt 22, 2016 12:24 pm

Hi!

Ich kann nur für die Medizin sprechen, aber in der Medizin ist diese Darstellungsform extrem weit verbreitet. Es wundert mich wirklich, dass es dafür keine package mit Funktionen gibt, die diese Darstellung automatisieren. (Momentan steckt da ja doch noch jede Menge Handarbeit drin.) Ist das denn in anderen Fachgebieten ungewöhnlich?

LG,
Bernhard
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EDi
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Re: horizontale Signifikanz-Linie in Boxplot Graphik

Beitrag von EDi » Sa Okt 22, 2016 10:46 pm

In den experimentellen Ökotoxikologie ist das leider auch Gang und gebe. Ich persönlich bin aber kein Fan von Sternchen und p-werten, aber so in Kombi mit dem boxplot erkennt man immerhin die Effektstärke und Varianz.

Für Mehrfachvergleiche gibt es cld() im multcomp package, das macht aber nur Buchstaben. Vielleicht gibt's was im plotrix package? Ansonsten hast du recht, könnte man dass in ein package/function packen. Multcomp:cld() könnte als Vorlage dienen...
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