Deutsches R-Forum

Verfasst: **Fr Aug 27, 2021 1:37 pm**

Hi,

ich habe einen funktionierenden Code aber bekomme trotzdem eine Meldung finde aber keinen Weg die ganze Sache anders zu machen ohne Meldung bzw. weiß nicht ob die Meldung nicht doch irgendwann einen Effekt haben könnte.

Ich will am Ende eine ANOVA-Zusammenfassung aus den Ergebnissen, die mit dem Paket VCA erstellt wurden. Das klappt auch aber es gibt die Fehlermeldung wenn Zeile 136 ausgeführt wird:

Setting row names on a tibble is deprecated.

Es gibt bestimmt elegantere Lösungen aber immerhin hab ich es hinbekommen, wenn nicht die Warnmeldung wäre

Code: Alles auswählen

library(VCA)
library(broom)
library(dplyr)
library(kableExtra)

DAT <- read.table(header = TRUE, dec = ",", text = 
                        "Tag	Lauf	Wert
1	1	24,8
1	1	24,5
1	2	24,9
1	2	25,1
2	1	25,2
2	1	25,0
2	2	24,9
2	2	24,5
3	1	24,4
3	1	24,9
3	2	24,8
3	2	24,5
4	1	24,9
4	1	25,1
4	2	25,2
4	2	25,0
5	1	24,9
5	1	24,5
5	2	24,4
5	2	24,9
6	1	24,8
6	1	24,5
6	2	24,9
6	2	25,1
7	1	25,2
7	1	25,0
7	2	24,9
7	2	24,5
8	1	24,4
8	1	24,9
8	2	24,8
8	2	24,5
9	1	24,9
9	1	25,1
9	2	25,2
9	2	25,0
10	1	24,9
10	1	24,5
10	2	24,4
10	2	24,9
11	1	24,8
11	1	24,5
11	2	24,9
11	2	25,1
12	1	25,2
12	1	25,0
12	2	24,9
12	2	24,5
13	1	24,4
13	1	24,9
13	2	24,8
13	2	24,5
14	1	24,9
14	1	25,1
14	2	25,2
14	2	25,0
15	1	24,9
15	1	24,5
15	2	24,4
15	2	24,9
16	1	24,8
16	1	24,5
16	2	24,9
16	2	25,1
17	1	25,2
17	1	25,0
17	2	24,9
17	2	24,5
18	1	24,4
18	1	24,9
18	2	24,8
18	2	24,5
19	1	24,9
19	1	25,1
19	2	25,2
19	2	25,0
20	1	24,9
20	1	24,5
20	2	24,4
20	2	24,9
")


# fit 20 x 2 x 2 model to data
fit.SS1 <- fitVCA(Wert~Tag/Lauf, DAT)
# estimate 95% confidence intervals, request CI for
# all variance components via 'VarVC=TRUE'
inf.SS1 <- VCAinference(fit.SS1, VarVC=TRUE)


#Freiheitsgrade ziehen
wl_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[1,1]
Tag_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[2,1]
Lauf_Tag_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[3,1]
error_df <- inf.SS1$VCAobj$ aov.tab[4,1]
total_df <- error_df + Lauf_Tag_df + Tag_df

#SS (sum of squares due to the source) ziehen
Tag_ss <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[2,2]
Lauf_Tag_ss <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[3,2]
error_ss <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,2]
total_ss <- ((Tag_ss)+(Lauf_Tag_ss)+(error_ss))

#MS (mean sum of squares due to the source) ziehen
Tag_ms <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[2,3]
Lauf_Tag_ms <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[3,3]
error_ms <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,3]

#Übeprüfen ob die "Variance components (VC) positi oder negativ sind siehe CLSI EP05 S.77 unten. Aus diesen wird auch die SD der within-laboratory precision berechnet.
error_v <- error_ms
Lauf_v <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[3,4]
Tag_v <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[2,4]

#Standardabweichung und CV für Repeatability (SD error) und Within-Laboratory precision (sd total)
repeat_sd <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,6]
repeat_cv <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[4,7]
within_sd <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[1,6]
within_cv <- inf.SS1$VCAobj$aov.tab[1,7]


ss <- round((c(Tag_ss, Lauf_Tag_ss, error_ss, total_ss)), digits = 2)
df <- c(Tag_df, Lauf_Tag_df, error_df, total_df)
ms <- round((c(Tag_ms, Lauf_Tag_ms, error_ms, NA)), digits = 2)
name <- c("Tag", "Lauf", "Error", "Total")


tabelle <- cbind(df, ss,ms)
tabelle <- as_data_frame(tabelle)
rownames(tabelle) <- name
tabelle <-  rownames_to_column(tabelle, var = "C")
tabelle <- as_tibble(tabelle)


tabelle %>%
  mutate_all(linebreak) %>%
  kable(
    "latex",
    booktabs = T,
    linesep = "",
    caption = "ANOVA-Zusammenfassung entsprechend CLSI EP05-A3",
    col.names = linebreak(
      c(
        "Namen",
        "SS",
        "DF",
        "MF"
      ),
      align = "r"
    )
  ) %>%
  kable_styling(latex_options = c("hold_position")) %>% 
  kable_styling(latex_options = "striped", stripe_index = c(2, 4))

VG,
Andreas

Verfasst: **Fr Aug 27, 2021 4:06 pm**

Diese Zeilen sind etwas "Spaghetti" und nicht sehr klar. Dort rühr auch das problem her:

Code: Alles auswählen

tabelle <- as_data_frame(tabelle)
rownames(tabelle) <- name
tabelle <-  rownames_to_column(tabelle, var = "C")
tabelle <- as_tibble(tabelle)

1. as_data_frame ist depreacted in der neuesten tibble version: https://tibble.tidyverse.org/reference/deprecated.html
2. Wieso brauchst du überhaupt ein tibble hier?
3. Wieso setzt du rownames, wenn du in der nächsten Zeile eine Spalte draus machst? Wieso nicht direkt die Spalte erzeugen?

Diese 4 Zeilen kann man auf 2 (order weniger) reudzieren, damit den Code lesbarer zu machen und gelichzeitig die Warnung umgehen...

Hier ein reduziertes Beispiel:

Code: Alles auswählen

library(tibble)
tabelle <- data.frame(hello = "world")
tabelle <- as_data_frame(tabelle)
rownames(tabelle) <- "Zeile"
tabelle <-  rownames_to_column(tabelle, var = "C")
tabelle <- as_tibble(tabelle)
tabelle

tab <- data.frame(hello = "world")
tab$C <- "Zeile"
as_tibble(tab)

Verfasst: **Mo Aug 30, 2021 9:09 am**

Ehrlich gesagt habe ich keine Ahnung warum ich das so gemacht habe, schien die einzige Möglichkeit zu sein, wie ich eine tibble hinbekomme da ich daraus mit kablExtra eine Tabelle für Rmarkdown machen will.

Da ich die Daten aus der ANOVA gezogen habe brauchte ich eine Spalte für die Tabelle mit den Bezeichnungen, das war der Grund.
Ich war wohl einfach nicht mehr richtig bei der Sache.

Danke für die absolute BASIC- Lösung

hätte mir wirklich selbst einfallen können

.

Danke trotzdem.

VG
Andreas

Verfasst: **Mo Aug 30, 2021 1:07 pm**

Hallo!

Werekorden hat geschrieben: ↑Mo Aug 30, 2021 9:09 am...schien die einzige Möglichkeit zu sein, wie ich eine tibble hinbekomme da ich daraus mit kablExtra eine Tabelle für Rmarkdown machen will.

Gibt es denn wirklich einen Zusammenhang zwischen kableExtra und tibbles? Ich dachte bisher, dass das mit Matrizen, daraframes, datatables und tibbles gleich funktioniert.

LG, Bernhard

Verfasst: **Sa Sep 04, 2021 1:07 pm**

Ganz ehrlich,

ich habe keine Ahnung.

VG,
Andreas

Verfasst: **Sa Sep 04, 2021 3:03 pm**

Dann braucht es dafür keine Umwandlung. Umso besser

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Warnmeldung rownames zu columns mit dplyr/tibble

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