Deutsches R-Forum

Verfasst: **Do Feb 14, 2019 9:56 pm**

Hallo liebe Forum-Community,

Ich möchte einen Cochran-Mantel-Haenszel Chi-Squared Test durchführen und verzweifle gerade daran, meine Daten in das dazu nötige Table-Format zu bringen. Ich hab mir den Datensatz UCBAdmissions angeschaut, wie der aussieht und versucht, das bei mir nachzubauen:

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mydata <- structure(list(H3K27ac_Common_I_clade_1 = structure(c(90L, 177L, 
1125L, 586L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("observed_CAGE_enhancers", 
"observed_other_enhancers"), c("in clade", "in cluster"))), H3K27ac_Common_I_clade_2 = structure(c(83L, 
290L, 1132L, 473L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("observed_CAGE_enhancers", 
"observed_other_enhancers"), c("in clade", "in cluster"))), H3K27ac_Common_I_clade_3 = structure(c(109L, 
20L, 1106L, 743L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("observed_CAGE_enhancers", 
"observed_other_enhancers"), c("in clade", "in cluster"))), H3K27ac_Common_I_clade_4 = structure(c(292L, 
52L, 923L, 711L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("observed_CAGE_enhancers", 
"observed_other_enhancers"), c("in clade", "in cluster"))), H3K27ac_Common_I_clade_5 = structure(c(151L, 
12L, 1064L, 751L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("observed_CAGE_enhancers", 
"observed_other_enhancers"), c("in clade", "in cluster"))), H3K27ac_Common_I_clade_6 = structure(c(132L, 
115L, 1083L, 648L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("observed_CAGE_enhancers", 
"observed_other_enhancers"), c("in clade", "in cluster")))), .Names = c("H3K27ac_Common_I_clade_1", 
"H3K27ac_Common_I_clade_2", "H3K27ac_Common_I_clade_3", "H3K27ac_Common_I_clade_4", 
"H3K27ac_Common_I_clade_5", "H3K27ac_Common_I_clade_6"))

Das ist noch eine Liste, aber schon mal so strukturiert, wie es wohl aussehen muss. Im Hilfetext zu ?table steht zwar one or more objects which can be interpreted as factors (including character strings), or a list (or data frame) whose components can be so interpreted. (For as.table, arguments passed to specific methods; for as.data.frame, unused.), aber

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as.table(mydata)
Fehler in as.table.default(mydata) : kann nicht in eine Tabelle umwandeln

Leider ist bei den Beispielen keines mit einer Liste dabei

Kann man das doch irgendwie einfach konvertieren oder soll ich lieber die Liste gar nicht erst so bauen?

Viele Grüße und Danke
Matthias

Verfasst: **Sa Feb 16, 2019 10:08 pm**

Ich hab es doch noch gelöst. Erst mal ein anderes Problem bearbeiten und mit etwas Abstand war es dann eine Sache von fünf Minuten...

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mytable <- as.table(array(unlist(mydata),
                 dim=c(2,2,length(mydata)),
                 dimnames = list(rownames(mydata[[1]]),colnames(mydata[[1]]),names(mydata))))

Danke allen, die sich ebenfalls Gedanken gemacht haben!

VG
Matthias

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Liste in contingency table umwandeln

Liste in contingency table umwandeln

Re: Liste in contingency table umwandeln