Umwandeln Matrix in Tabelle, bzw Extraktion eines Datenteils

Wie rufe ich R-Funktionen auf, wie selektiere ich Daten, ich weiß nicht genau ....

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Kata33

Umwandeln Matrix in Tabelle, bzw Extraktion eines Datenteils

Beitrag von Kata33 »

Hallo!
Ich bin neu hier und blutiger R-Anfänger und komme gerade nicht weiter:
Ich habe eine Datenmatrix, die ich gerne in Tabelle umwandeln würde, bzw wäre es vielleicht noch einfacher nur den 2.Teil der Matrix (hat 2 Zeilen) zu extrahieren, dann hätte ich so etwas wie ein fasta.file.
In der ersten Zeile steht die Spaltenüberschrift, in der 2. Zeile die Daten:

die Spalten in Zeile 1 ( pro eintrag 4 Spalten, ) haben folgendes Format:
"id" "name" "gene" "sequence" "id.1" "name.1" "gene.1" "sequence.1" "id.2" "name.2" "gene.2" "sequence.2" "id.3" "name.3" "gene.3" "sequence.3"

ein Dateneintrag (Info der 4 Spalten) sieht so aus:
"NOMAM148-17" "Capreolus capreolus" "NOMAM148-17" "TACTCTATACTTGTTATTTGGTGCTTGAGCAGGCATAGTAGGAACAGCCCTAAGTCTATTAATCCGTGCTGAGCTAGGTCAACCTGGGACTCTACTAGGAGATGATCAAATTTATAACGTAATTGTAACCGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATTATGATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTCCCCTTAATAATTGGTGCCCCAGATATAGCATTCCCTCGGATAAATAATATAAGTTTCTGACTACTTCCCCCTTCTTTCTTATTACTCCTAGCATCATCTATAGTTGAAGCCGGAGCAGGAACAGGCTGAACCGTTTATCCCCCCTTGGCCGGTAATTTAGCTCACGCAGGAGCTTCAGTAGACTTAACTATTTTTTCTCTGCATTTAGCAGGTGTTTCTTCAATTCTAGGGGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATAAAACCTCCTGCTATATCACAATATCAAACCCCTTTATTTGTATGATCCGTATTAATTACTGCAGTATTACTACTTCTCTCACTTCCTGTGCTAGCAGCAGGGATCACAATACTGTTAACAG"CCGAAACTTAAATACAACTTTCTTTGACCCAGCAGGAGGCGGAGACCCTATCCTGTACCAACACTTATTT

Irgendwie sind es 5 Spalten, 5. Spalte wäre am Anfang die fortlaufende Nummer
die Daten sind Tab- getrennt

Meine Frage wäre nun, hat jmd eine Idee, wie ich die Info in ne Tabelle bekomme, bzw. falls noch einfacher,
das ersehnte Fasta.file:
(dabei wäre zu Beginn jeder Zeile ein > Zeichen:

> NOMAM148-17 Capreolus capreolus NOMAM148-17
TACTCTATACTTGTTATTTGGTGCTTGAGCAGGCATAGTAGGAACAGCCCTAAGTCTATTAATCCGTGCTGAGCTAGGTCAACCTGGGACTCTACTAGGAGATGATCAAATTTATAACGTAATTGTAACCGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATTATGATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTCCCCTTAATAATTGGTGCCCCAGATATAGCATTCCCTCGGATAAATAATATAAGTTTCTGACTACTTCCCCCTTCTTTCTTATTACTCCTAGCATCATCTATAGTTGAAGCCGGAGCAGGAACAGGCTGAACCGTTTATCCCCCCTTGGCCGGTAATTTAGCTCACGCAGGAGCTTCAGTAGACTTAACTATTTTTTCTCTGCATTTAGCAGGTGTTTCTTCAATTCTAGGGGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATAAAACCTCCTGCTATATCACAATATCAAACCCCTTTATTTGTATGATCCGTATTAATTACTGCAGTATTACTACTTCTCTCACTTCCTGTGCTAGCAGCAGGGATCACAATACTGTTAACAG"CCGAAACTTAAATACAACTTTCTTTGACCCAGCAGGAGGCGGAGACCCTATCCTGTACCAACACTTATTT

Ich hoffe durch Anwendung der Befehle, langsam mich in R einzuarbeiten,
über jeden Hinweis und Tipp wäre ich sehr dankbar,
bitte relativ detailliert beschreiben, da ich wirklich sehr am Anfang stehe,
(auch was das Einlesen der files angeht,..)
vielen Dank, Kata
jogo
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Registriert: Fr Okt 07, 2016 8:25 am

Re: Umwandeln Matrix in Tabelle, bzw Extraktion eines Datenteils

Beitrag von jogo »

Hallo Kata,

willkommen im Forum!
Kata33 hat geschrieben: Di Apr 10, 2018 9:07 am Ich habe eine Datenmatrix, die ich gerne in Tabelle umwandeln würde, bzw wäre es vielleicht noch einfacher nur den 2.Teil der Matrix (hat 2 Zeilen) zu extrahieren, dann hätte ich so etwas wie ein fasta.file.
In welcher Form liegt die Datenmatrix vor? Bitte liefere uns wenigstens Teile davon; lies viewtopic.php?f=20&t=11
Was ist ein fasta.file :?: Ist es sowas: https://de.wikipedia.org/wiki/FASTA-Format ?
In der ersten Zeile steht die Spaltenüberschrift, in der 2. Zeile die Daten:
...
Ich hoffe durch Anwendung der Befehle, langsam mich in R einzuarbeiten,
über jeden Hinweis und Tipp wäre ich sehr dankbar,
bitte relativ detailliert beschreiben, da ich wirklich sehr am Anfang stehe,
(auch was das Einlesen der files angeht,..)
Das Einlesen und die Kontrolle der eingelesenen Daten ist der erste wichtige Schritt.
Zum Einlesen von FASTA habe ich dies gefunden: https://stackoverflow.com/questions/212 ... -file-in-r

Bitte denke bei Deinen zukünftigen Nachrichten daran, Formatierungen entsprechend zu verwenden, lies viewtopic.php?f=20&t=29

Gruß, Jörg
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