Markdown findet Objekt nicht

Wie rufe ich R-Funktionen auf, wie selektiere ich Daten, ich weiß nicht genau ....

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wbart
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Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von wbart » Mi Mai 16, 2018 10:11 am

Hallo,

Beim Versuch ein Markdown Dokument über knit in html auszugeben erscheint folgende Fehlermeldung:

Code: Alles auswählen

processing file: Markcown_.Rmd
  |......................                                           |  33%
  ordinary text without R code

  |...........................................                      |  67%
label: unnamed-chunk-1
Quitting from lines 20-21 (Markdown_.Rmd) 
Fehler in summary(name) : Objekt 'name' nicht gefunden
Ruft auf: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> summary

Ausführung angehalten
Wenn ich den Code oben direkt im Dokument selber ausführen lasse funktioniert es aber. Der Pfad scheint also zu stimmen.

Code: Alles auswählen

```{r}
summary(name)
```
Irgendwelche Ideen?

Gruß
Werner

bigben
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Re: Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von bigben » Mi Mai 16, 2018 10:18 am

Du musst schauen, wo und wie entsteht denn die Variable "name" in Deinem Dokument! Wenn Du Sie in Deinem Environment in der R console hast, dann kann die Auswertung in der R-Console funktionieren. Das Markdown-Dokument greift aber nicht auf das Environment Deiner R Console zu, sondern hat ein eigenes Envirnoment, eigene Variablennamen.

LG,
Bernhard
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wbart
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Re: Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von wbart » Mi Mai 16, 2018 10:31 am

Hallo Bernhard,

und was mache ich jetzt? Ich habe ein Projekt erstellt, einen Haufen Skripts, Tabellen und sonstiges erstellt und möchte dies nun in einem Bericht beschreiben.

Gruß
Werner

bigben
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Re: Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von bigben » Mi Mai 16, 2018 10:53 am

Nochmal, Du suchst an der Stelle in Deinem Markup-File, an der Matrixyl1 oder name erstellt wurde und schaust, was da nicht stimmt. Wenn es die Stelle nicht gibt, dann musst Du sie schaffen. Wenn Die Erstellung dieser Variable in einem Skript versteckt ist, kannst Du entweder den Code per Copy-Paste in das Markup-Dokument kopieren, oder Du kannst das Script in einem Code-Block im Markup via source() einbinden.

LG,
Bernhard
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wbart
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Re: Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von wbart » Mi Mai 16, 2018 11:14 am

Bedeutet das, das ich im Markup die gesamte Programmierung nochmal neu eingeben muss, sofern sie aufeinander aufbaut?. Ich kann nicht einfach auf Teile der bereits getätigten Arbeit zurückgreifen?
Wo finde ich die Daten die ich in Global Environment gespeichert habe. Ich habe txt-files eingelesen und bearbeitet und als neuen dataframe gespeichert. Dieses Objekt finde ich aber nirgendwo.

bigben
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Re: Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von bigben » Mi Mai 16, 2018 11:36 am

wbart hat geschrieben:
Mi Mai 16, 2018 11:14 am
Bedeutet das, das ich im Markup die gesamte Programmierung nochmal neu eingeben muss, sofern sie aufeinander aufbaut
Das Markdowndokument muss eine in sich geschlossene Berechnung haben und greift nicht auf die Daten zu, die in irgendeiner andere R-Sitzung vorhanden sein mögen. It's a feature, not a bug. So wird jedes R-Markdown-Dokument immer in das gleiche Dokument verwandelt. Wenn Du vorher interaktiv in R irgendwelche Berechnungen gemacht hast, musst Du diese
  • im Markdown wiederholen oder
  • Als Sourcefile via source() einbinden oder
  • die Zwischenergebnisse abspeichern und die so abgespeicherten Zwischenergebnisse im Markdown einlesen.
Ich habe txt-files eingelesen und bearbeitet und als neuen dataframe gespeichert
Dann speichere diesen neuen Dataframe mit write.table() und lesen ihn in dem Markdown mit read.table() ein.

LG,
Bernhard
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wbart
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Re: Markdown findet Objekt nicht

Beitrag von wbart » Mi Mai 16, 2018 12:46 pm

Danke Bernhard,
jetzt hab ich das Prinzip verstanden.

VG
Werner

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