ANOVA TUKEYHSD

Wie rufe ich R-Funktionen auf, wie selektiere ich Daten, ich weiß nicht genau ....

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wbart
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ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von wbart » Mo Mai 28, 2018 3:08 pm

Hallo,

ich stehe mal wieder völlig auf dem Schlauch. Ich möchte eine ANOVA durchführen und danach als Post Hoc einen Tukey HSD. Am Ende möchte ich eine Übersicht haben, welche Spalten sich von welchen signifikant unterscheiden.

Gegeben sei hier eine Testtabelle:

Code: Alles auswählen

Testtabelle <- matrix(nrow=100, ncol=10)
colnames(Testtabelle) <- c(
  paste("Proband", 1:10, sep=""))

rownames(Testtabelle) <- paste("gene", 1:100, sep="")
for (i in 1:100) {
  Werte<- rnorm(n = 10, mean = 10, sd = 3)
  
  Testtabelle[i,] <- c(Werte)
}


Wie mache ich das jetzt konkret? Ich habe mit dem tidyr package gespielt (Muss ich die Daten umorgenisieren? Muss ich die Spaltennammen als eine Spalte und die Beobachtungen in die zweite Spalte bringen wobei Zeilennamen dann als Information wegfallen?) und mit den Befehlen "aov" und "TukeyHSD" (Was hat das mit formula und ~ bei 10 Spalten auf sich?), Komme leider zu keinem brauchbaren Ergebnis.
Über ein brauchbares Script anhand der Testtabell würde ich mich sehr freuen, dann könnte ich versuchen es nachzuvollziehen.

Vielen Dank

MfG
Werner

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von EDi » Mo Mai 28, 2018 6:23 pm

Wie sieht dein Model aus? Hast du dir mal emmeans oder multcomp angeschaut (ich bevorzuge ersteres)?
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von wbart » Di Mai 29, 2018 1:16 pm

Hallo Edi,
ich habe kein Modell. Ich möchte einfach nur wissen welche Spalten sich signifikant unterscheiden und welche nicht. Sozusagen ein T-Test für 10 Spalten. Wenn ich richtig liege, löst man das dann mit einer ANOVA gefolgt von einem Tukey HSD.

VG
Werner

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von EDi » Di Mai 29, 2018 4:14 pm

Du willst die Spalten miteinander vergleichen?
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von wbart » Mi Mai 30, 2018 1:35 pm

Genau.

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von EDi » Fr Jun 01, 2018 4:22 pm

Daten mit Spalten Indikator ins lange Format bringen (z. B. tidyr::gather()).

Dann ein lm() mit der Spalte als factor als Prädikatoren und mit emmeans die paarweisen Vergleiche anstellen. We sieht es mit Korrektur für Mehrfachtestung aus?
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von wbart » Mo Jun 04, 2018 11:13 am

Hallo,

habe jetzt mit tidyr die Daten in Langform gebracht "tidyr::gather()" und dann mit aov(value~key, data) die Anova durchführen können. Hatte value und key vertauscht, deshalb bekam ich eine Fehlermeldung.

VG
Werner

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Re: ANOVA TUKEYHSD

Beitrag von EDi » Mo Jun 04, 2018 10:06 pm

Kannst du für die Nachwelt noch die Lösung hier posten? Falls nochmal jemand danach sucht, freut der sich bestimmt...
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