Seltsames Problem mit geom_ribbon

Wie erstelle ich Grafiken, was ist zu beachten?

Moderatoren: EDi, jogo

Antworten
pfischer
Beiträge: 21
Registriert: Mi Mär 29, 2017 5:31 pm

Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von pfischer »

Liebes Forum,
ich habe ein seltsames Problem mit geom_ribbon. Wenn ich mit unten stehendem Code Werte mit Konfidenzintervallen plotte, werden diese sehr seltsam ausgehenen. Leider finde ich auch nach intensiver Suche im Netz keine Lösung und bin etwas ratlos. Alldieweil das Konfidenzintervall in bestimmten Abschnitten korrekt ausgegeben wird. Hat irgend jemand von Euch eine >Idee wo mein Fehler liegt? Herzlichen Dank.

Code: Alles auswählen

if (!"plotly" %in% installed.packages()) install.packages("plotly")
require("plotly")
if (!"htmltools" %in% installed.packages()) install.packages("htmltools")
require("htmltools")
if (!"htmlwidgets" %in% installed.packages()) install.packages("htmlwidgets")
require(htmlwidgets)
if (!"lubridate" %in% installed.packages()) install.packages("lubridate")
require(lubridate)


all_data_tmp <- read.delim("~/Plausability and quality control/Helgoland_MarGate_Underwaterobservatory_2019_Hydrography_short[attachment=0]Helgoland_MarGate_Underwaterobservatory_2019_Hydrography_short.csv")
all_data_tmp$date <- ymd_hms(as.character(all_data_tmp$date))
all_data_tmp <- as.data.frame(all_data_tmp[(order(as.Date(all_data_tmp$date))),])

plot_title <- paste0(Sys.time(),": Sensor kernel density values (blue) and 90% confidence limits (grey) - see metadata description")

j <- ggplot(all_data_tmp, aes(date,all_data_tmp[,6])) +
  geom_point(size = 0.2, color="blue") +
  labs(title = plot_title, x='date', y='chlorophyll a [mg m3]') +
  geom_ribbon(aes(ymin=all_data_tmp[,6]-all_data_tmp[,7], ymax=all_data_tmp[,6]+all_data_tmp[,7]), alpha = 0.6, fill="red")

p3 <- ggplotly(j,dynamicTicks = TRUE) %>%
  layout(xaxis = list(rangeslider = list()))

print(p3)
Dateianhänge
Helgoland_MarGate_Underwaterobservatory_2019_Hydrography_short.csv
(464.35 KiB) 7-mal heruntergeladen
Benutzeravatar
EDi
Beiträge: 1332
Registriert: Sa Okt 08, 2016 3:39 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von EDi »

Kannst du das Problem näher erleutern?

Sieht für mich passend aus (hab den code etwas entschlakt)...
Rplot.png

Code: Alles auswählen

require(ggplot2)
require(lubridate)


all_data_tmp <- read.delim("http://forum.r-statistik.de/download/file.php?id=1264")
all_data_tmp$date <- ymd_hms(as.character(all_data_tmp$date))
all_data_tmp <- as.data.frame(all_data_tmp[(order(as.Date(all_data_tmp$date))),])


ggplot(all_data_tmp, aes(date,all_data_tmp[,6])) +
  geom_point(size = 0.2, color="blue") +
  geom_ribbon(aes(ymin=all_data_tmp[,6]-all_data_tmp[,7], ymax=all_data_tmp[,6]+all_data_tmp[,7]), alpha = 0.6, fill="red")
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

Dieser Beitrag ist lizensiert unter einer CC BY 4.0 Lizenz
Bild.
Benutzeravatar
EDi
Beiträge: 1332
Registriert: Sa Okt 08, 2016 3:39 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von EDi »

Achso, jetzt sehe ich erst dass du ein Problemchen mit ggplotly hast...
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

Dieser Beitrag ist lizensiert unter einer CC BY 4.0 Lizenz
Bild.
Benutzeravatar
EDi
Beiträge: 1332
Registriert: Sa Okt 08, 2016 3:39 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von EDi »

Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

Dieser Beitrag ist lizensiert unter einer CC BY 4.0 Lizenz
Bild.
pfischer
Beiträge: 21
Registriert: Mi Mär 29, 2017 5:31 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von pfischer »

Lieber Edi
ja genau das ist es. Entschuldige bitte, ich hätte einen screenshot dazu geben sollen. Dann ist es das NA Problem. Ok, das kann ich lösen indem ich beim plotten die NA Konfifenzintervalle auf 0 setze. Ich probier das gleich mal. Vielen Dank zunächst für die wie immer schnelle und extrem hilfreiche Antwort. Philipp
pfischer
Beiträge: 21
Registriert: Mi Mär 29, 2017 5:31 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von pfischer »

Noc hmals zu dem Thema,
so leicht ist es wohl leider doch nicht zu beheben. Das setzen der Na's auf 0 hat leider nichts gebracht
Bildschirmfoto 2021-01-03 um 10.44.45.png

und die verschienenen Kommentare die Du genannt hast haben ja auch keine Lösung. Schade, dann muss ich wohl auf ggplotly verzichten. Dennoch vielen herzlichen Dank:-).
VG Philipp
Athomas
Beiträge: 523
Registriert: Mo Feb 26, 2018 8:19 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von Athomas »

Hmmm - "seltsames Problem" ist in etwa so präzise wie "klappt nicht"!
Kannst Du vielleicht mal Deine Erwartungen beschreiben - ich nehme an, die sind wesentlicher Bestandteil des Problems!?
pfischer
Beiträge: 21
Registriert: Mi Mär 29, 2017 5:31 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von pfischer »

Hallo Athomas,
inden beiden Screendumps sieht man, dass die Confidenzintervalle nur teilweise richtg sind. Es gibt Zeitabschnitte (x-Achse) bei denen schienbar wahllos Verbindungen gezogen werden. Die bisherige Meinung gier ist, dass ggplotly wohl eine Bug hat und mit NA's nicht zurecht kommt, jedoch abhängig von der Position der NA's. Zum Beispiel sieht man auf den screendumps die großen roten Flächen. Das sind keine echten Konfidenzintervalle sondern falsch eingezeichnete Linien zwischen verschiedenen Zeitpunkten. Ich hoffe das Problem wird dadurch verständlicher. VG Philipp
Athomas
Beiträge: 523
Registriert: Mo Feb 26, 2018 8:19 pm

Re: Seltsames Problem mit geom_ribbon

Beitrag von Athomas »

Wenn Du die NAs rausschmeißt, sieht der Plot (etwas) vernünftiger aus - aber gefallen tut er mir immer noch nicht!
Welche Erkenntnis möchtest Du damit transportieren?
Zitterplot.jpeg
Antworten