ggcompetingrisks - Skalierung X-Achse

Wie erstelle ich Grafiken, was ist zu beachten?

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Mc_Semmler
Beiträge: 1
Registriert: Sa Nov 07, 2020 2:35 pm

ggcompetingrisks - Skalierung X-Achse

Beitrag von Mc_Semmler »

Liebe Forum-Gemeinschaft,

ich trete mit folgendem Problem an euch heran. Für eine Arbeit versuche ich meine X-Achse bei einer "Cumulative Incidence curve" zu adaptieren, scheitere jedoch, dies auch grafisch darzustellen. Ich habe meine Daten auf ein verfügbares Paket geändert, um das Nachvollziehen zu erleichtern.


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library(cmprsk)
library(ggplot2)
library(survminer)

my.data <- survminer::BMT
attach <- my.data


p <-ggcompetingrisks(fit=cuminc(my.data$ftime,my.data$status,my.data$dis), 
multiple_panels = FALSE,main="", xlab="Time (months)", ylab="Cumulative incidence (%)") + 
scale_color_manual(name="",values=c("black","peru"), labels=c("Transplantation", "Death"))

ggpar(p,ylim=c(0,1),yticks.by=0.2,xlim=c(0,24),xticks.by=6)
Ich habe diese Befehle aus verschiedensten Beiträgen.
1. Schritt: Cumulative Incidencen abbilden.
2. Schritt: Die x Achse so bearbeiten, dass sie meinen "Wünschen" entspricht.
--> Konkret geht es darum, die X-Achse in 6-monatiger Skalierung darzustellen, und bei 0 zu beginnen. Mit diesen Daten übernimmt mir das Programm allerdings immer nur die Skalierung für die y-Achse, nicht jedoch für die x-Achse.

Ich habe zuerst versucht xlim in die ggcompetingrisk - Formel zu schreiben, was jedoch nicht den gewünschten Erfolg gebracht hat. Daher habe cih es auch mit "ggpar" probiert, um hier die Achse zu überschreiben. Auch das funktioniert nicht.

Könnte mir hier jemand helfen?

2. Anliegen
Ich würde gerne, wie in folgendem Beitrag bereits angefragt (jedoch nicht beantwortet) die "Numbers at risk" abbilden (viewtopic.php?f=8&t=2153&p=10588&hilit=survminer#p10588).
Leider habe ich noch keine vernünftige Möglichkeit gefunden, das zu schaffen.

Der Versuch, das über ggparagraph und ggarange zu machen, ist daran gescheitert, die entsprechenden Zeilen untereinander schön zu positionieren:

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text <-paste("Cumulative                            6                                   12                                   18                                   24\n  
      Incidence                               6                                   12                                   18                                   24")
text.paragraph <- ggparagraph(text, lineheight = 0.4)

ggarrange(p, text.paragraph, heights = c(10, 1.8),ncol = 1, nrow = 2)
Hat hier jemand eine Idee? Vielen Dank für die Hilfe!
Zuletzt geändert von jogo am Sa Nov 07, 2020 5:45 pm, insgesamt 1-mal geändert.
Grund: formatierung verbessert, siehe http://forum.r-statistik.de/viewtopic.php?f=20&t=29
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