empfohlene Packages insbesondere Epidemiologie

Wie erweitere ich R um eigene Funktionen oder Pakete? Welches Paket ist passend für meine Fragestellung?

Moderatoren: EDi, jogo

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LlenadeVida
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empfohlene Packages insbesondere Epidemiologie

Beitrag von LlenadeVida »

Liebe alle,

ich bin neu im Forum und auch noch Neuling, was R betrifft. Ich habe aber Blut geleckt und möchte es nun endlich lernen und beruflich anwenden (im Studium wurde es nur mal am Rande angekratzt).
Mein derzeitiges Problem: Da ich in einer Behörde arbeite, muss ich sämtliche Installationen genehmigen lassen. Es wird also vermutlich nicht reichen, wenn ich R und R Studio beantrage, weil ich ja noch diverse Packages brauchen werde. Da ich mich noch nicht gut mit R auskenne, hier meine Bitte: Könnt Ihr mir Packages empfehlen, die ich für meine Tätigkeiten runterladen sollte, damit ich möglichst weit komme, ohne immer wieder unsere IT einschalten zu müssen? Wichtig sind neben deskriptiver Statistik noch Teststatistik, Korrelationen, Regressionsanalysen und Berechnungen, die im Gesundheitsbereich/Epidemiologie wichtig sind (Risk Ratio, Odds Ratio, Sensitivität, Spezifität, Cohens Kappa...), sowie halbwegs hübsche Grafiken. Später könnte noch räumliche Statistik relevant werden.

Wäre super, wenn ich mit Eurer Unterstützung eine Liste zusammenstellen könnte!

Vielen lieben Dank und einen schönen Sonntag!
Alexandra
Athomas
Beiträge: 552
Registriert: Mo Feb 26, 2018 8:19 pm

Re: empfohlene Packages insbesondere Epidemiologie

Beitrag von Athomas »

Guckst Du hier: https://rviews.rstudio.com/2020/05/20/s ... demiology/

Ich selbst - kein Epidemiologe - würde data.table und ggplot2 mit auf die einsame Insel nehmen :) !
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EDi
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Registriert: Sa Okt 08, 2016 3:39 pm

Re: empfohlene Packages insbesondere Epidemiologie

Beitrag von EDi »

ohne immer wieder unsere IT einschalten zu müssen?
Einfach ganz CRAN installieren... So viele GB sind dass dann auch nicht...
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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bigben
Beiträge: 2072
Registriert: Mi Okt 12, 2016 9:09 am

Re: empfohlene Packages insbesondere Epidemiologie

Beitrag von bigben »

Hi!

Ich habe R und RStudio auf einem USB-Stick installiert und benutze sie von diesem Stick aus. Ich hatte "in meiner Behörde" mal einen netten IT'ler überzeugt, mir RStudio und R zu installieren aber diese Installation wurde dann irgendwann alt und für jedes neue Feature wieder eine IT-Abteilung zu kontaktieren wäre lästig geworden. Denen und mir. Auf meinem Stick kann ich machen, was ich will und es ist nichts auf einem Dienstrechner installiert.

Jede Kommunikation meiner Rechenergebnisse mit Kooperationspartnern passiert mittels knitr. knitr muss mit.

Für Grafiken brauche ich ggplot2, pROC, ggbeeswarm, ggrepel, ggthemes, BlandAltmanLeh, GGExtra, ggpubr, sonst fange ich nicht an.
Darüber hinaus gibt es sooo viel cooles, z. B. https://exts.ggplot2.tidyverse.org/gallery/ Unbedingt auf ggmap schauen, wenn geographische Daten kommuniziert werden sollen.

Für alles andere kann man guten Gewissens nichts raten, wenn die Aufgabe nicht konkret benannt ist. Athomas' Link sieht gut aus. Es gibt so ein paar packages, wie das bereits genannte ggplot2, da gehen mit einem package ganze Welten auf, die einem vorher verborgen waren: Das Paket tidyverse muss man installiert haben, wenn man auch mal Code und Ratschläge aus dem Internet nutzen will. mgcv, rstanarm und randomForest sind drei packages von denen ich derzeit das Gefühl habe, dass sie meine Art, Statistik zu rechnen, nachhaltig verändern werden. Für andere wäre sicher noch lavaan zu ergänzen.


Wenn es nicht möglich sein sollte, eigener Herr über Paketinstallationen und Updates auf dem USB-Stick zu sein und nicht möglich sein sollte, wie EDi es vorgeschlagen hat, das ganze CRAN herunterzuladen, dann müssen die IT-Leute damit rechnen, dass Du häufig bei Ihnen anrufst. Sehr häufig. R ist gut, aber das Salz in der Suppe von R sind die Packages. Das nächstbeste nach CRAN herunterladen wären vielleicht die CRAN Taskviews: https://cran.r-project.org/web/views/

Dort werden die besseren und angeseheneren Pakete gelistet und mit dem ctv-Paket sind tatsächlich die Vorkehrungen getroffen, die erwähnten Pakete gleich TaskView-weise herunterzuladen und zu installieren. TaskViews solltests Du in Deiner Lage definitiv kennen.

HTH,
Bernhard
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student
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Re: empfohlene Packages insbesondere Epidemiologie

Beitrag von student »

Da Du für eine Behörde arbeitest, gehe ich davon aus, dass Du mit Windows arbeitest. Nach der Genehmigung durch Deine IT (was nicht nur für Behörden sondern auch für Unternehmen ab einer gewissen Größe gilt) ist das mit den Paketen kein Problem mehr. Pakete kannst Du jederzeit ohne Admin-Rechte nachinstallieren, denn unter dem Windows-Zugriffsrechten wird dafür ein Verzeichnis im Dokumentenordner angelegt (siehe Bild).

Informiere nur Deine IT-Abteilung darüber... . M. E. ist das der optimale Weg, weil es jede Menge "Paketabhängigkeiten" gibt und eine Nachinstallation bzw. Aktualisierung ab und an nötig ist.

Der USB-Stick kann eine Möglichkeit sein, aber möglicherweise sieht die Abteilung von Behörden (ich weiß es von Unternehmen) das sehr kritisch und möchte nicht, dass Mitarbeiter*innen irgendwelche Stick in den Computer stecken. :o
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Viele Grüße,
Student
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