RCY3 defining cytoscape network

Wie erstelle ich Grafiken, was ist zu beachten?

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wbart
Beiträge: 89
Registriert: Fr Mär 16, 2018 4:08 pm

RCY3 defining cytoscape network

Beitrag von wbart »

Hallo,

kennt sich jemand mit RCY3 aus? Ich möchte nodes zuerst mit "group attributes layout" in Gruppen separieren und diese separierten Gruppen dann mit "attribute grid layout" sortieren. Ausserdem möchte ich die nodes farblich kodieren aber mit einer reversen Color Brewer Palette. Ich versuch das mal zu veranschaulichen:

gegeben sei eine Testtabelle:

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#library
library(RCy3)


#data
data <- data.frame(symbol =c("A","B","C","D","E"),
                   value = c(1,2,1,-2,3),
                   group = c("X1","X2","X1", "X1", "X2"),
                   ID = c("1","2","3","4","5"))

# RCY3 coding for Cytoscape network                   
createNetworkFromDataFrames(
  nodes=data.frame(id=data$ID), 
  edges=NULL,
  title="Test", 
  collection="TEST")

#add annotation data

loadTableData(
  as.data.frame(data),
  data.key.column = "ID",
  table = "node", # the cytoscape table where I load data into
  table.key.column = "name"
)

setNodeLabelMapping(
  table.column = "symbol"
)

# Einfärben der nodes entsprechend der Werte in values
setNodeColorMapping(
  table.column = "value",
  table.column.values = NULL,
  # ICH MÖCHTE DIE PALETTE UMKEHREN (IN CYTOSCAPE KANN ICH DAS)
  colors = paletteColorBrewerPRGn,
  mapping.type = "c",
  default.color = NULL,
  style.name = NULL,
  network = NULL
)


layoutNetwork("attributes-layout nodeAttribute=group")
#JETZT MÖCHTE ICH DIE BEIDEN GRUPPEN ALS GRID NACH ALPHABET der NODES GEORDNET HABEN


 
Würde gerne noch ein paar Bilder hochladen, wie füge ich die hier ein? Möchte ja keinen Verweis auf meinen Computer hier speichern.

Viele Grüße
Werner
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