Error: only defined on a data frame with all numeric-alike variables

Wie rufe ich R-Funktionen auf, wie selektiere ich Daten, ich weiß nicht genau ....

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wbart
Beiträge: 89
Registriert: Fr Mär 16, 2018 4:08 pm

Error: only defined on a data frame with all numeric-alike variables

Beitrag von wbart »

IBeim Versuch das Minimum in einer Spalte zu erhalten bekomme ich folgende Fehlermeldung:
Error in FUN(X[], ...) :
only defined on a data frame with all numeric-alike variables

Die Spalte mit den Werten ist aber numerisch.

leider kann ich die komplette Tabelle nicht teilen. Ich versuche die Infos trotzdem zu vermitteln

Code: Alles auswählen

# ich möchte den minimalen Wert erhalten
min(data$logFC)
die Spalte logFC ist numerisch vom Typ double

Code: Alles auswählen

> str(data)
'data.frame':	12 obs. of  14 variables:
 $ ensembleID       : chr  "ENSG00000182667" " ...
 $ geneSymbol       : chr  "NTM" ...
 $ geneName         : chr  "neurotrimin" " ...
 $ comparison       : chr  ...
 $ logFC            : num  ...
 $ ID               : chr  "1" "2" "3" "4" ...
 $ symbolType       : chr  " ...
 $ contributionTo   : chr  NA NA NA NA ...
 $ affilationGroup  : chr  NA NA NA NA ...
 $ resultsIn        : chr  " ...
 $ mechanismOfAction: chr  NA NA NA NA ...
 $ highlightedX     : chr  NA NA "xxx" NA ...
 $ source           : chr  " ...
 $ "comparison"     :  ...#


typeof(dGE_DNA_damage_response$logFC)
[1] "double"

 
Hat jemand eine Idee warum ich diese Meldung bekomme?

VG
wbart
bigben
Beiträge: 2771
Registriert: Mi Okt 12, 2016 9:09 am

Re: Error: only defined on a data frame with all numeric-alike variables

Beitrag von bigben »

Hallo,

ich habe leider keine Idee. Wenn Du die Tabelle nicht teilen kannst oder willst, was völlig in Ordnung ist, vielleicht kannst Du einen Teil der Tabelle teilen. Schau doch mal ob der Fehler mit folgenden Daten auch auftritt.

Code: Alles auswählen

data[1:10, "logFC", drop = FALSE]
Wenn ja, kannst Du diese Daten vielleicht teilen (ohne Kontext sind die ja für jeden inhaltsleer)? Z. b. als

Code: Alles auswählen

dput(data[1:10, "logFC", drop = FALSE])
LG,
Bernhard
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Programmiere stets so, dass die Maxime Deines Programmierstils Grundlage allgemeiner Gesetzgebung sein könnte
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