Elliminierung von Anführungszeichen

[wbart]

Hallo,
Nach dem Import einer Datei sind durch Leerzeichen in den Spaltenüberschriften Anführungszeichen entstanden.

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SAM_1_vs_2_orig
# A tibble: 212 x 18
    SeqID SeqName      `3 h`  `20 h` `1 Avs-0h` `1 Bvs-0h` `1 Cvs-0h` `2 Avs-0h` `2 Bvs-0h` `2 Cvs-0h` `3 Avs-0h`
    <dbl> <chr>        <chr> <chr>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>
 1 669261 IL5RA        NA    X         -4.13     -3.77     -4.00    -0.911     3.90     -0.766    -1.77 
 2 654578 AF210649     X     NA        -1.96     -4.39     -4.54     0.111     0.007     1.08      0.081
 3 669261 IL5RA        X     NA        -3.72     -4.94     -3.12     0.85     -0.13      0.461    -2.08 

Ich habe die Leerzeichen eliminiert mit:

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 setNames(gsub(" ", "", names(.)))

Dann habe ich versucht die Anführungszeichen weg zu bekommen mit

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 setNames(gsub("'", "", names(.)))

oder

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 make.names(colnames(SAM_1_vs_2_orig))

Beides hat leider nicht funktioniert. Wie bekomme ich die Anführungszeichen weg?

VG
wbart

[Juergen]

Hallo,
leider ist dein Beispiel nicht ausführbar und somit nicht nachvollziehbar.
Oder du versuchst es unter :
https://methodenlehre.github.io/einfueh ... verse.html "rename"
oder gleich über regexp

Wahrscheinlich sind die " ' '" nicht innerhalb von R entstanden, sondern beim importieren der Daten "übriggeblieben".

VG Jürgen

Edit:Ergänzung

[bigben]

Für mich sieht es so aus, als wolltest Du die falschen Anführungszeichen eliminieren: In den Spaltenüberschriften sind die etwas schräg nach rechts unten ("backticks"), in Deinem gsub-Aufruf lotrecht nach unten. Das ist das falsche Zeichen!

LG, Bernhard

[wbart]

@Juergen du hast recht diese Tabell ist durch import aus Excel enstanden. Daher kann ich sie auch nicht nachbilden. Das Problem ist sogar so hartnäckig, das wenn ich die colnames manuell hinzufüge die Zeichen bleiben.

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colnames(SAM_1_vs_2_TEST) <-
  c(
    "id",
    "SeqName",
    "3h"  ,
    "20h" ,
    "1Avs_0h"  ,
  )

etc.

@bigben das hatte ich gar nicht gesehen. Die Korrektur hat aber leider auch nichts gebracht.

[jogo]

Hallo wbart,

sind nach dem Setzen der Namen per colnames<-() alles Spalten noch mit Backticks oder nur die, die keine gültigen Objektnamen sind (z.B. 3h und 20h)? Bei einem Dataframe muss man berücksichtigen, dass auch per Dataframe$Spaltenname auf eine Spalte zugegriffen werden kann. Dafür müsste Spaltenname ein regulärer Bezeichner sein, sonst sind Backticks fällig.

Und wie schaut es aus, wenn Du kein Tibble sondern erstmal nur einen normalen Dataframe erzeugst?

Gruß, Jörg

[bigben]

Daher kann ich sie auch nicht nachbilden. Das Problem ist sogar so hartnäckig, ...
Die Korrektur hat aber leider auch nichts gebracht.

Jetzt ist der Code mindestens bezüglich der Backticks verändert, wir wissen nicht, wie er jetzt aussieht. Warum man das nicht mittels dput reproduzierbar machen kann verstehe ich nicht.

LG, Bernhard