Fehlermeldung bei Untersuchung von Haupteffekten (ANOVA)

[ninabionda]

Hallo zusammen,

nachdem ich eine Mixed Anova durchgeführt habe und diese einen signigikanten Interaktionseffekt zeigt, möchte ich in einem nächsten Schritt die einfachen Haupteffekte untersuchen und paarweise Vergleiche vornehmen.

Für die Untersuchung der einfachen Haupteffekte der UV "Messzeitpunkt" (Within Subject) verwende ich folgenden Code:

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 EHF_MZP <- Fragebogen.long %>%
  group_by(Gruppe) %>%
  anova_test(Score ~ Messzeitpunkt + Error(ID/Messzeitpunkt)) %>%
  get_anova_table() %>%
  adjust_pvalue(method = "bonferroni")

Ich bekomme folgende Fehlermeldung:

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ℹ In argument: `data = map(.data$data, .f, ...)`.
Caused by error in `map()`:
ℹ In index: 5.
Caused by error in `assertthat_iv_has_enough_levels()`:
! Variable Messzeitpunkthas only one level. Remove it from the model.

Die Variable "Messzeitpunkt" liegt allerdings durchaus als Faktor mit zwei Levels vor:

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is.factor(Fragebogen.long$Messzeitpunkt)

[1] TRUE

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nlevels(Fragebogen.long$Messzeitpunkt)

[1] 2

Hat jemand eine Idee, wo der Fehler liegen könnte?

Viele Grüße
Nina

[bigben]

Hallo Nina,

zwei Level haben bedeutet noch nicht, dass die auch beide vorkommen. Was sagen denn

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table(Fragebogen.long$Messzeitpunkt)
table(Fragebogen.long$Messzeitpunkt ,
      Fragebogen.long$Gruppe)

LG, Bernhard

[ninabionda]

Hallo Bernhard,

das stimmt, aber es sind tatsächlich beide Levels enthalten:

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> table(FKFragebogen.long$Messzeitpunkt)

  Aktivitäten P_Aktivitäten 
           95            95 

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> table(FKFragebogen.long$Messzeitpunkt ,
+       FKFragebogen.long$Gruppe)
               
                 0  1  2  3  4
  Aktivitäten    3 30 29 14 16
  P_Aktivitäten  3 30 29 14 16

Fällt dir noch etwas anderes ein, was eine solche Fehlermeldung hervorrufen könnte?
Ich bin echt ratlos...

Viele Grüße
Nina

[bigben]

Hallo Nina,

leider habe ich auch noch keine Antwort für Dein Problem. Ich bin nutze aber auch dplyr-Funktionen nicht und die Fehlermeldung ist nur bedingt hilfreich: Du weißt halt bei dieser dpylr-Kette nicht, wo der Fehler genau auftritt.

Du hast bestimmt schon sichergestellt, dass Gruppe und ID auch vernünftig gefüllt sind (und nicht beispielsweise zuviele NA die anderen Variablenunverwertbar machen); wenn nicht, ggf.

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Hmisc::describe(FKFragebogen.long$Score)
Hmisc::describe(FKFragebogen.long$ID)

oder, wenn Du Hmisc noch nicht installiert hast, halt

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summary(FKFragebogen.long$Score)
summary(FKFragebogen.long$ID)

Aber das wird schon passen.

Diese ganzen Automatiken von dplyr führen dazu, dass Du nicht genau weißt, wo der Fehler auftaucht. Ich stelle es mir fehlerträchtig vor, dass es in Gruppe 0 nur drei Einträge pro Messzeitpunkt gibt. Vielleicht ist das das Problem? So etwas würde ich manuell durchrechnen. Z. B.

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auszug <- subset(FKFragebogen.long, Gruppe == 1)
head(auszug)
plot(
mod1 <- aov(Score ~ Messzeitpunkt, data = auszug)  # erstmal ein ganz schlichtes Modell
summary(mod1)
mod2 <- aov(Score ~ Messzeitpunkt + Error(ID/Messzeitpunkt), data = auszug) # dann das Modell mit dem komplexeren Zusammenhang 
summary(mod2)

Und wenn das funktioniert, dann oben Gruppe == 0 einsetzen um zu schauen, ob es wirklich an der Gruppe 0 liegt. Falls Deine Gruppen auch Faktoren sind, dann halt nicht Gruppe == 1 sondern Gruppe == "1".
Also jedenfalls langsam herantasten, wo genau der Fehler auftritt.

LG,
Bernhard