PKNCA - Startschwierigkeiten

[BieneTVB]

Hallo,

vielleicht hat hier jemand schonmal Pharmakokinetische Berechnungen mit R gemacht und PKNCA benutzt?

Ich möchte aus Zeit- und Konzentrationsangaben aus einem Experiment zum Medikamentenabbau eine Halbwertzeit errechnen lassen und das ganze dann noch als Graph darstellen lassen.

Leider scheitere ich schon am 1. simplen Schritt diese Daten in R einzupflegen.
Alle Anleitungen im Netz konnte ich bisher nicht erfolgreich umsetzen. Mit R habe ich vorher noch nie gearbeitet und hatte gehofft eine Schritt- für Schritt Anleitung zu finden um so eine simple Aufgabe zu erledigen.

Hat jemand schonmal sowas gemacht und kann mir weiterhelfen?

Vielen Dank schonmal

[bigben]

Hallo Biene,

wir sind hier ein kleiner vertrauter Kreis. Dass jemand Pharmakokinetik gemacht hat jnd das auch noch mit diesem speziellen Paket, ist wenig wahrscheinlich.

Daten in R einlesen oder eine einfache Exponentialfunktion anpassen, da können wir Dir aber helfen.

In welcher Form liegen die Daten denn jetzt vor?

LG,
Bernhard

[BieneTVB]

Hallo Bernhard,

danke schonmal für die Antwort.

Die Daten habe ich in Excel Tabellen. In einer Spalte der Zeitpunkt (z.B. 0, 15, 30, 45min usw.) und in der 2. Spalte die Konzentration des Medikaments zum jeweiligen Zeitpunkt.

Die Anleitung zum Paket habe ich versucht umzusetzen. Leider gelingt es mir als blutiger R-Anfänger nicht.

ChatGPT hab ich auch schon gefragt:

"# Beispielhafte Daten
data <- data.frame(
time = c(0, 1, 2, 4, 6, 8, 12, 24),
concentration = c(10, 8, 6, 4, 2, 1, 0.5, 0.1),
dose = 100
)

# Erstellen eines PKNCA-Objekts
pk_data <- pk.nca(
data,
dose = "dose",
time = "time",
conc = "concentration"
)

# Berechnung der Halbwertszeit
half_life <- pk.calc.half.life(pk_data)
print(paste("Halbwertszeit:", half_life))"

Sieht eigentlich ziemlich einfach aus. Möchte nur leider bei mir nichts funktionieren. Bin mir sicher das ich irgendwas falsch mache nur weis leider nicht weiter.

[bigben]

Mach Dir ein Excel-Sheet in dem die erste (Zeit-)Spalte in Zelle A1 anfängt und die zweite (Konzentrations-)Spalte in B1 beginnt. Das speicherst Du als CSV-Datei in Deinen R Arbeitsordner und liest das mit

Code: Alles auswählen

verlauf = read.csv2("dateiname.csv")
head(verlauf, 10)
str(verlauf)

in die Variable verlauf. Poste das Ergebnis von str(...) mal hier ins Forum.

ChatGPT ist nur ein plappernder Papagei. Seine " Halluzinationen" sind ein bekanntes Problem. https://youtube.com/shorts/7pQrMAekdn4? ... MsZC-QkHnQ

LG, Bernhard