Liebe Community,
ich hab folgendes Problem. Ich habe einen Datensatz mit einer Variablen Versuchspersonenanzahl (ni) und einer Variablen Effekstärke (Effekt). Mein Ziel ist es aus beiden einen funnel Plot zu erstellen, also mit Effekstärke auf der x-Achse und Versuchspersonenanzahl auf der y-Achse (Ich weiß, es ist üblich den Standardfehler zu nehmen, in meinem Fall bietet sich diese Möglichkeit leider nicht an). Aus dem package ('metafor') wird mir die Funktion funnel angeboten, welche anscheinend auch mit der Versuchspersonenzahl den funnel erstellen kann. Da ich mich leider nicht sehr gut mit R auskenne, bin ich dann hier an meine Grenzen gestoßen:
funnel(MCJ, yaxis = 'ni', main = 'Effekt') #MCJ = dataframe , ni = Variable für Versuchspersonenanzahl und Effekt = Effektstärke
Error in funnel.default(MCJ, yaxis = "ni", main = "Effekt") :
No sample size information available.
Ab hier bin ich mit meinem Latein am Ende. a) Ist diese Funktion überhaupt die richtige, für das, was ich will?
b) Wie kann ich denn R sagen, was meine "sample size" ist?
Vielleicht gibt es jemanden der einen Code parat hat, womit es klappen könnte
Liebe Grüße und danke im voraus
Metapsy
Funnel Plot
Re: Funnel Plot
Hallo und willkommen metapsy!
Hier ein Beispiel, das das machen sollte was du willst. Bitte studiere jede Zeile einzeln und passe den Code an deine Gegebenheiten an.
Bei Problemen die durch fehlenden reproduzierbare Beispiel und der Anpassung an deinen Daten enstehen kann ich leider nicht helfen.
Oder kurz gesagt:
Du musst funnel() auch sagen welche Spalten die sample sizes enthällt ('ni = ' Argument).
Die effectsizes muss man nicht mit escalc berechnen (hab ich bisher immer selbst händisch gemacht, hab hier nur das Beispiel aus ?funnel geklaut).
Bitte erstellen zukünftig ein reproduzierbares Beispiel, damit wir spezifisch auf dein Problem antworten können und nicht irgendwelche Annahmen machen müssen die eventuell auf dich gar nicht zutreffen.Vielleicht gibt es jemanden der einen Code parat hat, womit es klappen könnte
Hier ein Beispiel, das das machen sollte was du willst. Bitte studiere jede Zeile einzeln und passe den Code an deine Gegebenheiten an.
Bei Problemen die durch fehlenden reproduzierbare Beispiel und der Anpassung an deinen Daten enstehen kann ich leider nicht helfen.
Code: Alles auswählen
library(metafor)
### some data
data("dat.bcg")
# see
?dat.bcg
# for more information
### calculate log relative risks and corresponding sampling variances
dat <- escalc(measure="RR", ai=tpos, bi=tneg, ci=cpos, di=cneg, data=dat.bcg)
dat$yi # is the effect size # vi are the sampling variances
### calculate total number of cases
dat$no <- dat$tpos + dat$tneg + dat$cpos + dat$cneg
# funnelplot
# x = effect size, vi = sampling variance, ni = sample sizes, yaxis = show sample size on y
funnel(x = dat$yi, vi = dat$vi, ni = dat$no, yaxis = 'ni')
Du musst funnel() auch sagen welche Spalten die sample sizes enthällt ('ni = ' Argument).
Die effectsizes muss man nicht mit escalc berechnen (hab ich bisher immer selbst händisch gemacht, hab hier nur das Beispiel aus ?funnel geklaut).
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.
Dieser Beitrag ist lizensiert unter einer CC BY 4.0 Lizenz
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