ich glaube, ich habe einen Fehler in einem CRAN-Package gefunden und würde Euch gerne Fragen, ob ich Recht habe, bevor ich die Autoren anschreibe.
Ich habe ganz klassisch einen Test, dessen Sensitivität und Spezifität ich bestimmen möchte. Soweit kein Problem, aber ich hätte gerne auch Konfidenzintervalle, und das kann ich nicht selbst, da brauche ich ein Paket für.
Zunächst die Daten, einen Auszug aus den Originaldaten für eine echte Publikation:
Code: Alles auswählen
test.positiv <- c(1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,
0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0)
wirklich <- c(1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1,
0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1,
0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0,
1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0,
0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1)
test.positiv <- as.factor(test.positiv)
wirklich <- as.factor(wirklich)
Code: Alles auswählen
install.packages("reportROC")
library(reportROC)
reportROC(gold = wirklich, predictor.binary = test.positiv)
Code: Alles auswählen
library(caret)
# Erst die Sensitivität
reportROC(gold = wirklich, predictor.binary = test.positiv)$SEN
sensitivity(data = as.factor(test.positiv), reference = as.factor(wirklich))
Code: Alles auswählen
reportROC(gold = wirklich, predictor.binary = test.positiv)$SPE
specificity(data = test.positiv, reference = wirklich)
Ich mache mich erstmal auf die Suche nach einem anderen Paket für die Konfidenzintervalle. Die spucken mir die caret-Funktionen leider nicht aus...
LG,
Bernhard
Edit: Als anderes Paket bin ich jetzt mit epiR::epi.tests fündig geworden.