Namen der Experimente nicht angezeigt

[Phero100]

Hallo,
wahrscheinlich ein prinzipielles Probelm von mir:
Wenn ich eine Clusteranalyse mache und einen Datensatz wie unten verwende bekomme ich als Experiementnamen nur 1, 2, 3, etc, nicht aber die unter name stehenden Bezeichnungen. Das Problem habe ich generell. Den Datensatz habe ich mit der Importfunktion von R_studio generiert. Wie kann ich dafür sorgen, dass tatsächlich dei richtigen Bezeichnungen angegeben werden?

# A tibble: 3 x 415
name `1_3_Tetracosaned~ `1_3_Docosanedio~ E_b_Ocimene Cholesterol Heptacosane `3_Oxohexyl_E_2_3_dihy~ Unknown_B135_1
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 CAM040~ 0.0243 0.0440 0.209 0.0784 0.00963 0.888 0.00728
2 CAM040~ 0.00329 0.00613 0.0712 0.0974 0.0241 0.736 0.0125
3 CAM040~ 0.00891 0.00941 0.0729 0.0720 0.0140 0.816 0.0177

library(readr)
dat <- read_delim("File name.csv", ";", escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE)
View(erg)
library("cluster")
erg.dist <- dist(dat, method = "euclidean")
erg.hc <- hclust(d = erg.dist, method = "complete")
erg.coph <- cophenetic(erg.hc)
cor(erg.dist, erg.coph)
library(factoextra)
fviz_dend(erg.hc, cex = 0.6, k = 4)

Herzlichen Dank für jede Hilfe

[EDi]

hclust nimmt die labels aus den rownames. Sind die gesetzt?

dist nimmt als input ein "a numeric matrix, data frame or "dist" object." , du hast aber ein tibble.
Vielleicht liegt's auch daran. tibbles sind nunmal keine reinen data.frames (auch wenn manchmal so angepriesen).

Für alles andere bitte ein reproduzierbares Beispiel posten.

[Phero100]

Die rownames habe ich nicht explizit gesetzt. Wie setzt man sie denn?

[bigben]

Hi!

Wenn jemand nochmal nachlesen möchte was gemeint ist mit

Für alles andere bitte ein reproduzierbares Beispiel posten.

der könnte zum Beispiel hier nachlesen: viewtopic.php?f=20&t=11

tibbles sind nunmal keine reinen data.frames

Stimmt. Zum Beispiel finden die Erfinder von tibbles rownames blöd. Nun hat die Funktion hclust ja noch das Argument labels = dem man probeweise mal die Spalte dat$name übergeben könnte. Können wir halt ohne reproduzierbares Minimalbeispiel nicht ausprobieren.

Wie setzt man sie denn?

Am besten gar nicht, oder so wie es in der Dokumentation steht https://tibble.tidyverse.org/reference/rownames.html

LG,
Bernhard

[Phero100]

Hallo,
hier ist jetzt der Code von mir

Code: Alles auswählen

Test <- structure(list(name = c("CAM040989G", "CAM040990G", "CAM040991G", 
                                "CAM041001G", "CAM041003G", "CAM041004G"), E_2_3_Dihydrofarnesoic_acid = c(0.067014925, 
                               0.053070175, 0.0898017, 0.038467742, 0.025086705, 0.041678832
                                ), Unknown_hydrocarbon_11 = c(0.000267164, 0.000176316, 0.00024221, 
                              1e-06, 0.00012948, 1e-06), Methyl_E_2_3_dihydrofarnesenoate = c(1e-06, 
                            7.21053e-05, 1e-06, 1e-06, 1e-06, 1e-06), Unknown_hydrocarbon_9 = c(1e-06, 
                            7.70175e-05, 1e-06, 2.22581e-05, 1e-06, 8.61314e-05), Unknown_B95_2 = c(0.001365672, 
                            0.001491228, 0.003456091, 0.004596774, 0.002236994, 0.00039927
                        )), row.names = c(NA, -6L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
                            ))
library("cluster")
library(factoextra)
erg.hc <- hclust(d = erg.dist, method = "complete")
fviz_dend(erg.hc, cex = 0.6, k = 2)

[Phero100]

Sorry, da fehlte etwas

Code: Alles auswählen

Test <- structure(list(name = c("CAM040989G", "CAM040990G", "CAM040991G", 
                                "CAM041001G", "CAM041003G", "CAM041004G"), E_2_3_Dihydrofarnesoic_acid = c(0.067014925, 
                               0.053070175, 0.0898017, 0.038467742, 0.025086705, 0.041678832
                                ), Unknown_hydrocarbon_11 = c(0.000267164, 0.000176316, 0.00024221, 
                              1e-06, 0.00012948, 1e-06), Methyl_E_2_3_dihydrofarnesenoate = c(1e-06, 
                            7.21053e-05, 1e-06, 1e-06, 1e-06, 1e-06), Unknown_hydrocarbon_9 = c(1e-06, 
                            7.70175e-05, 1e-06, 2.22581e-05, 1e-06, 8.61314e-05), Unknown_B95_2 = c(0.001365672, 
                            0.001491228, 0.003456091, 0.004596774, 0.002236994, 0.00039927
                        )), row.names = c(NA, -6L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
                            ))
library("cluster")
library("factoextra")
library("ggplot2")
erg.dist <- dist(Test, method = "euclidean")
erg.hc <- hclust(d = erg.dist, method = "complete")
fviz_dend(erg.hc, cex = 0.6, k = 2)

[bigben]

So?

Code: Alles auswählen

Test <- column_to_rownames(Test, var = "name")
erg.dist <- dist(Test, method = "euclidean")
erg.hc <- hclust(d = erg.dist, method = "complete")
plot(erg.hc)

Ich hatte mich übrigens vertan, hclust hat gar kein Argument labels. Mein Fehler.

LG,
Bernhard

[Phero100]

Leider nein,
es gab dieses Ergebnis:

> Test <- column_to_rownames(Test, var = "name")
Fehler in column_to_rownames(Test, var = "name") :
unbenutztes Argument (var = "name")
> erg.dist <- dist(Test, method = "euclidean")
Warnmeldung:
In dist(Test, method = "euclidean") : NAs durch Umwandlung erzeugt
> erg.hc <- hclust(d = erg.dist, method = "complete")
> plot(erg.hc)

[bigben]

Dann nochmal im ganzen Satz mit Variablendefinition. Das hier läuft bei mir so am Stück durch. Ohne Warnung, ohne Fehlermeldung und mit einem beschrifteten Plot am Ende. Bei Dir nicht?

Code: Alles auswählen

library(tibble)
Test <- structure(list(name = c("CAM040989G", "CAM040990G", "CAM040991G", 
                                "CAM041001G", "CAM041003G", "CAM041004G"), E_2_3_Dihydrofarnesoic_acid = c(0.067014925, 
                                                                                                           0.053070175, 0.0898017, 0.038467742, 0.025086705, 0.041678832
                                ), Unknown_hydrocarbon_11 = c(0.000267164, 0.000176316, 0.00024221, 
                                                              1e-06, 0.00012948, 1e-06), Methyl_E_2_3_dihydrofarnesenoate = c(1e-06, 
                                                                                                                              7.21053e-05, 1e-06, 1e-06, 1e-06, 1e-06), Unknown_hydrocarbon_9 = c(1e-06, 
                                                                                                                                                                                                  7.70175e-05, 1e-06, 2.22581e-05, 1e-06, 8.61314e-05), Unknown_B95_2 = c(0.001365672, 
                                                                                                                                                                                                                                                                          0.001491228, 0.003456091, 0.004596774, 0.002236994, 0.00039927
                                                                                                                                                                                                  )), row.names = c(NA, -6L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
                                                                                                                                                                                                  ))

Test <- column_to_rownames(Test, var = "name")
erg.dist <- dist(Test, method = "euclidean")
erg.hc <- hclust(d = erg.dist, method = "complete")
plot(erg.hc)

[Phero100]

Doch, funktioniert. Allerherzlichen Dank. Mir war nicht klar, dass man die library tibble angeben muss.