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spearman.ci
Verfasst: Do Jul 29, 2021 2:44 pm
von piRRRate
R version 4.1.0
Hallo,
ich versuche das RVAideMemoire Paket zu installieren um spearman.ci zu nutzen. Leider bekomme ich stets die Fehlermeldung "Warning in install.packages : Abhängigkeit ‘mixOmics’ nicht verfügbar" und die Installation schlägt fehl.
Kann mir da jemand weiter helfen?
Schonmal vielen Dank!
Re: spearman.ci
Verfasst: Do Jul 29, 2021 3:20 pm
von bigben
Hallo,
ich kenne dieses Paket und auch diese Abhängigkeit nicht. Anstatt mir die Mühe zu machen, das ans Laufen zu bringen, würde ich entweder das Bootstrapping schnell selbst programmieren oder mir einfach genau diese eine Funktion aus dem Paket klauen. Ist ja alles open source und free. Den Code der Funktion spearman.ci aus diesem Paket findest Du hier:
https://github.com/cran/RVAideMemoire/b ... arman.ci.R
LG,
Bernhard
PS: selbst gemacht:
Code: Alles auswählen
x <- c(52.6015880284831, 38.9128883602098, 20.4100004630163, 31.9638721877709,
8.80637427326292, 51.5503629110754, 6.35763742029667, 13.9454936143011,
83.294513868168, 39.2624024534598, 65.9589922288433, 5.55122662335634,
82.6380851911381, 67.8119823802263, 45.6970887258649, 96.1769323563203,
12.9569123499095, 66.6377513436601, 33.6138152051717, 40.3957033297047
)
y <- c(153.401153220329, 106.111862917896, 25.1882422016933, 63.8029392925091,
21.7008182429709, 106.894112750888, -15.2176667819731, 25.0320379738696,
224.14522775216, 72.2398760961369, 186.540639959276, -23.0944559792988,
212.268336070702, 177.290782600176, 121.63783160504, 276.795749785378,
5.29641968896599, 177.836431446485, 67.7940088906325, 120.848851406481
)
n <- length(x)
plot(x, y)
cor(x, y)
bootstrapped_rho <- replicate(100000, {
i <- sample.int(n, replace = TRUE)
cor(x[i], y[i])
}
)
hist(bootstrapped_rho, breaks = 30)
abline(v = quantile(bootstrapped_rho, c(.025, .975)), lty = 3)
print(quantile(bootstrapped_rho, c(.025, .975)))
PPS: Das Paket mixOmics gibt es auf CRAN nicht mehr aber auf Bioconductor noch:
http://www.bioconductor.org/packages/re ... Omics.html bzw.
http://mixomics.org/install/
Re: spearman.ci
Verfasst: Do Jul 29, 2021 3:51 pm
von Athomas
Google ist Dein Freund:
Code: Alles auswählen
Package ‘mixOmics’ was removed from the CRAN repository.
Formerly available versions can be obtained from the archive.
This package is now available from Bioconductor only, see <http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/mixOmics.html>.
s. deshalb:
http://www.bioconductor.org/packages/re ... Omics.html
Zu spät! @bigben: Hast Du Deinen Beitrag nachträglich verändert - oder bin ich einfach nur scheel!?
Re: spearman.ci
Verfasst: Do Jul 29, 2021 9:04 pm
von piRRRate
Thanks a lot to both of you, that solved by problem!
Re: spearman.ci
Verfasst: Do Jul 29, 2021 10:13 pm
von bigben
Athomas hat geschrieben: ↑Do Jul 29, 2021 3:51 pm
@bigben: Hast Du Deinen Beitrag nachträglich verändert - oder bin ich einfach nur scheel!?
Wir haben das wohl ziemlich genau gleichzeitig gemacht. Ich mein Postscriptum ergänzt und Du Deinen Beitrag verfasst. Hab es nach dem Ergänzen gesehen und für ok befunden. Was wahr ist darf man doch auch zweimal sagen?
LG,
Bernhard