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Eine Umfrage zum HDF5-Datenbanksystem

Verfasst: Di Nov 23, 2021 11:52 am
von student
Hallo R'ler,

es geht um das Datenbanksystem HDF5 und die Diskussion darum inspirierte mich zu dieser kleinen Umfrage. Ich freue mich über Eure Beteiligung und Antworten! Danke!

Re: Eine Umfrage zum HDF5-Datenbanksystem

Verfasst: Di Nov 23, 2021 12:51 pm
von bigben
Hi,

ich oute mich mal als ahnungsloser, der davon noch nie gehört hat. Ich habe aber auch den Sonntag Abend damit verbracht, einen Artikel über ca. 240 Beobachtungen an 37 Menschen zum Einreichen aufzubereiten und bei dem Projekt sind wir mit CSV ganz gut gefahren, Die Daten haben auch alle in meinen RAM gepasst. :lol: Wirklich große Datensätze gibt mir ohnehin nie einer in die Hand, weshalb ich mich da auch vorläufig mal bequem zurücklehnen kann. Grundsätzlich sind aber natürlich alle Bemühungen gut, offene, systemübergreifende und leistungsfähige Datenformate zu vereinheitlichen und zu verbreiten.

LG,
Bernhard

PS: https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.rhdf5 und https://cran.r-project.org/package=hdf5r

Re: Eine Umfrage zum HDF5-Datenbanksystem

Verfasst: Di Nov 23, 2021 6:05 pm
von student
Hallo Bernhard,

bisher hatte ich es in meiner Laufbahn auch nur mit wenigen richtig großen Datensätzen zu tun. In einer "internen" Diskussion kam das Thema auf, Daten und Metadaten gemeinsam effektiv in einer DB abzulegen. Und dann hat jemand HDF5 in die Diskussion geworfen und mir viel ein, dass ich HDF4 schon vor Jahren in die Ecke als recht komplex geschoben und verdrängt habe.

Da mir im realen Leben noch keine HDF5-DB über den weg gelaufen ist und auf Grund der Diskussion, versuche ich mir gerade einen Überblick zu verschaffen. Die HDF5-Installation, inkl. HDF5-View, erfordert mehr als die gewohnten Installationsschritte und leicht genervt stellte ich mir die Frage "Wer macht so etwas (im realen Leben)?". Ich freue mich, wenn Anwender:innen sich zu erkennen geben! :)

Das R-Paket kenne ich und zeigt mir, dass es irgendwo in der Welt hilfreich ist....! :ugeek:

Re: Eine Umfrage zum HDF5-Datenbanksystem

Verfasst: Di Nov 30, 2021 12:46 pm
von Hufeisen
Ich habe mir für meine Dissertation Daten zur Blitzdichte von der NASA gezogen. Die gab es, wenn ich mich richtig erinnere, als ncdf4 oder HDF5. Ich kannte beide Formate nicht und habe das ncdf4-Format gewählt. Ich wäre also bei c) dabei. Mehr Berührungspunkte habe ich mit dem Format nicht, aber Du wolltest es ja wissen. :roll:

Grüße in die Runde. :geek:

Re: Eine Umfrage zum HDF5-Datenbanksystem

Verfasst: Mi Dez 01, 2021 10:39 am
von student
Danke für Eure Beiträge!

Ich habe HDF5 wieder zur Seite gelegt! Intern hatten wir HDF5 immer wieder diskutiert und ich finde die Handhabung recht umständlich. Alleine die HDF5-Installation und der HDFView-Applikation (3.1.3, diese erscheint mir in die Jahre gekommen) ist unter Windows umständlich. Das rhdf5-Paket hat unter der Motorhaube viel C (natürlich), dass alles installiert und gecheckt wird. Aber letztlich hatte ich über R immer wieder Zugriffsprobleme auf mein HDF5-Beispiel. Der parallele Check mit HDFView zeigte immer wieder Inkonsistenzen (ich vermutet, dass der Viewer nicht korrekt funktioniert), sodass ich genervt das Handtuch geworfen habe... :cry: