Probleme Pakete zu laden (Linux)

[Pia]

Hallo,
ich benutze R im Rahmen meines Studiums und verzweifle immer mal wieder. Ich kann einige Pakete nicht laden- u.a. sjPlot, performance, Matric, lme4...
Die Meldung, die ich regelmäßig bekomme, lautet (in diesem Fall für sjPlot):
Warning in install.packages : installation of package ‘sjPlot’ had non-zero exit status
Ich arbeite mit Linux, Debian und R 4.1.2
Hat jemand eine Idee, woran das Problem liegen könnte?
Über Hilfe wäre ich sehr dankbar.
Herzlichen Gruß,
Pia Seiferth

[bigben]

Hallo Pia,

ist die Fehlermeldung wirklich so kurz, oder steht da noch mehr? Und gibt es andere Pakete, die Du so installieren kannst?

LG, Bernhard

[student]

Hallo Pia,

gerade mache ich ähnliche Erfahrung, allerdings auf dem Raspberry Pi. Ich vermute, im Packet-Installationsprozess findet eine Kompilierungssession statt (ist halt Linux ) und das erfordert oftmals bestimmte Abhängigkeiten. Vor dieser finalen Fehlermeldung erhältst Du möglicherweise ursächliche Fehlerhinweise und hier kann (!) ChatGPT weiterhelfen. Gib diesen Hinweis auf das ursächliche Problem mal ein und ich kann mir vorstellen, dass Du einen vernünftigen Hinweis bekommst.

Mir hat es leider nicht weitergeholfen, ich sollte den MAKE-Prozess mit dem setzten des LDFLAGS (nur zur Info: export LDFLAGS="$LDFFLAGS -latomic") auf die Sprünge helfen.

Oder nutze Windows!

[Athomas]

Ich arbeite mit Linux, Debian und R 4.1.2

• Wirklich 4.1.2? Das ist ja - für R-Verhältnisse - uralt, gibt es einen Grund, dass Du es nicht auf einen neueren Stand gebracht hast?
• Bist Du sicher, dass Du zu dieser Version passende Libraries installierst?
• Du nutzt nicht RStudio o.ä.?

Beschreibe doch bitte mal genauer, wie Du bei diesen Installationen vorgehst!
Ich habe übrigens "sjPlot" auf meinem Raspi 4 (Ubuntu 22.04.1, R 4.3.2) problemlos installieren können...

[student]

Hallo Athomas,

ich habe Probleme mit der DuckDB. Läuft auf Windows ohne Probleme, aber auf dem Pi nicht ....

[Athomas]

gerade mache ich ähnliche Erfahrung, allerdings auf dem Raspberry Pi.

Was für ein Pi, was für ein Betriebssystem?

Es gibt tatsächlich einige R-Packages, die bestimmte Bibliotheken benötigen, die zuerst betriebssystemseitig installiert werden müssen - weil sie nicht zum Standard-Umfang der Linux-Distribution gehören.

Ich habe auf meinem "Raspi 4" 560 (!) Packages installiert - ob das sinnvoll ist, lasse ich mal dahingestellt, aber ich "vererbe" alles, was ich jemals benutzt habe (und sei es nur für die Beantwortung einer obskuren Frage hier im Forum ) an neue R-Installationen weiter...
Dabei fallen immer wieder (wenige) Packages raus, die nicht ordentlich gewartet und deshalb von CRAN verbannt werden.

Bei Interesse kann ich Dir gerne meine Aufzeichnungen zum Installationsprozess (Ubuntu (Server) 22.04.1, R 4.3.2, RStudio Server 2023.09.0 Build 446) schicken!

[Athomas]

ich habe Probleme mit der DuckDB.

Hat sich bei mir (s.o.) zumindest installieren lassen!

[student]

Hallo Athomas,

danke für Deine Antwort und Hinweise. Meine aktuell genutztes Pi-OS ist folgende:

Raspberry Pi 4 Model B Rev 1.2
pi@pi4:~ $ cat /etc/os-release
PRETTY_NAME="Raspbian GNU/Linux 10 (buster)"
NAME="Raspbian GNU/Linux"
VERSION_ID="10"
VERSION="10 (buster)"
VERSION_CODENAME=buster
ID=raspbian
ID_LIKE=debian

Die Installation der DuckDB erfordert auf dem Pi eine Kompilierung des C++-Codes mit dem g++-Compiler. Dieser verwendet dazu die Bib libatomic und hier geht der Prozess auf die Bretter. Laut Discord (hier tummeln sich die DuckDB-User) ist das Problem bekannt und der Lösungshinweis ist das Erstellen eines LDFLAGS über

export LDFLAGS="$LDFFLAGS -latomic"

Das Funktioniert leider nicht, der Compilierungsprozess biegt trotzdem nicht richtig ab. Aus dem Umfang der Resonanz schließe ich, das der Anwenderkreis Pi & DuckDB recht klein ist.

Libatomic gehört zum g++-Compiler, was ich so interpretiere, dass Abhängigkeiten zum R-Umfeld noch keine Rolle spielen.

Auf Windows läuft es prima und ich beeindruckt von der Leichtgewichtigkeit der DB.

Ich denke, ich werde das Thema DuckDB auf dem Pi abschließen und mir mal die MariaDB anschauen.

[bigben]

Hallo Günter,

Ich denke, ich werde das Thema DuckDB auf dem Pi abschließen und mir mal die MariaDB anschauen.

MariaDB ist doch ein SQL-Server. Wäre nicht die naheliegende Alternative zu DuckDB SQLite? Das hat die nötige Verbreitung und das nötige Alter und läuft ebenfalls in-process ohne Einrichten eines Servers etc.

LG,
Bernhard

[Athomas]

Hallo Student,

vielleicht lohnt es sich ja, von Deiner verwendeten "Raspberry Pi OS"-Version "buster" auf eine aktuelle zu wechseln?
Die neueste ist "bookworm", die ja auch Ubuntu 22.04 zugrunde liegt - was bei mir ja die Installation ohne Probleme zulies...

Ich bin deshalb guter Hoffnung, dass es dann auch bei Raspberry Pi OS klappt - das ist vielleicht noch einen Versuch wert?

Viele Grüße
Athomas