Deutsches R-Forum

Verfasst: **Di Aug 29, 2017 10:14 pm**

Hallo,
ich brauche nochmal eure Hilfe.
Ich habe mit meinen Daten (Anzahl der Tiere "animals" pro Behandlung "treatment" ein glm laufen lassen und geplottet (siehe R-Code). Der Graf, den R mir dann ausspuckt ist nicht besonders chick und nicht publikationsreif. Ich hätte mein Model gerne mit simplen boxplots, hab allerdings keine Ahnung wie das geht. Ich hab ein bisschen ausprobiert (Versuch 1 und 2), aber eigentlich war mir von Anfang an klar, dass meine Ideen zum Scheitern verurteilt sind. Gerade Versuch 1 ist ja "einfach" gemacht, aber woher will R hier wissen, dass er das vorige Modell benutzen soll? Ich wollte es trottzdem mal ausprobieren, an Mangel aus Alternativen

. Versuch 2 endet in einer Fehlermeldung.
Könnt ihr mir erklären, wie man nach einem glm eine schöne, publizierbare Grafik hinbekommt?
Vielen Dank!

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model3 = glm(animals ~ Treatment, family="poisson", data = table1)
plot(model3)
summary(model3)
plot(allEffects(model3))

#Versuch 1:
boxplot(animals ~ Treatment, data = table1) 

#Versuch 2:
boxplot(allEffects(model3))

Verfasst: **Di Aug 29, 2017 11:10 pm**

Wie willst du denn ein Model anhand von boxplots darstellen? Erkläre das bitte: Was sollen die whisker darstellen, was die box und was die horizontale Linie?

Ich würde Estimates (und zwar auf der response-Skala) + 95% CI also punkte und Whisker darstellen... Estimates samt Ci gibt mit lsmeans (oder auch direkt aus glm, aber da muss man mehr machen).
Plot würde ich mit ggplot machen (geom_point, geom_errorbar). Dazu vielleicht noch Buchstaben drüber die die signifikanz von paarweisen vergleichen zeigt (auch lsmeans).

BTW: Passt possion von den Annahmen her (also Varianz = Mittelwert)? Ist mir bisher selten über den weg gelaufen, dass sich Tiere in die poisson-Verteilung drücken lassen... Oft hat's overdispersion, d.h. Varianz > Mittelwert.

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Boxplot nach glm erstellen

Boxplot nach glm erstellen

Re: Boxplot nach glm erstellen