Signifikanzen in ggplot2

Wie erstelle ich Grafiken, was ist zu beachten?

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willi
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Re: Signifikanzen in ggplot2

Beitrag von willi » Di Jul 10, 2018 2:52 pm

Ja das sollte bei Type funktionieren. Das wäre die Analyse zwischen den beiden Gruppen "H" und "L". Die sind eigentlich auch beide in der Tabelle Fluegel_type enthalten. Habe gerade reingeschaut.

Das zweite wäre eine Analyse zwischen den einzelnen Vätern. Das Müsste dann ja mit aov passieren.
Vielleicht hast du mir ja die Lösung schon aufgezeigt, aber ich kann leider noch nicht nachvollziehen, wie ich mit dem Datensatz eine Darstellung erzeuge, die mir Boxplots mit Signifikanzen gibt :(

jogo
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Re: Signifikanzen in ggplot2

Beitrag von jogo » Di Jul 10, 2018 3:00 pm

willi hat geschrieben:
Di Jul 10, 2018 2:52 pm
Ja das sollte bei Type funktionieren. Das wäre die Analyse zwischen den beiden Gruppen "H" und "L". Die sind eigentlich auch beide in der Tabelle Fluegel_type enthalten. Habe gerade reingeschaut.
Das mag ja für den gesamten Dataframe gelten, aber nicht mehr für das Stückchen head(Fluegel_type), denn das sind nur die ersten 6 Datenzeilen aus dem Dataframe.

Code: Alles auswählen

Das zweite wäre eine Analyse zwischen den einzelnen Vätern. Das Müsste dann ja mit aov passieren. 
auch $Vater ist in den ersten 6 Datenzeilen nur der Wert 29025, deshalb kann ich es nicht testen.

Code: Alles auswählen

aov(Maximale.Kraft ~ Vater, data=Fluegel_type)
Vielleicht hast du mir ja die Lösung schon aufgezeigt, aber ich kann leider noch nicht nachvollziehen, wie ich mit dem Datensatz eine Darstellung erzeuge, die mir Boxplots mit Signifikanzen gibt :(
Hast Du denn schon mal so etwas gesehen? Normalerweise dienen die Boxplots zur graphischen Darstellung
und die Signifikanzen werden bei den statistischen Tests ausgewiesen.

Gruß, Jörg

willi
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Re: Signifikanzen in ggplot2

Beitrag von willi » Di Jul 10, 2018 3:11 pm

Ja unter dem folgenden Link sieht man verschiedene Darstellungen. http://mqasim.me/?p=122763
Ich hätte eine In der die Boxplots dann mit sternchen gekennzeichnet werden wenn sie signifikant von den anderen unterschieden werden können. Und dann möchte ich das ganze gerne auf jeden Parameter den ich erhoben habe anwenden...

jogo
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Re: Signifikanzen in ggplot2

Beitrag von jogo » Mi Jul 11, 2018 8:29 am

Hallo Willi,

im Wesentlichen sehe ich dort nur, dass der p-Wert in die Grafik geschrieben wurde. Bei den base-Grafiken macht sowas die Funktion text()

Gruß, Jörg

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EDi
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Re: Signifikanzen in ggplot2

Beitrag von EDi » Mi Jul 11, 2018 9:09 am

Also ich rechne immer die Modelle und Tests separat, baue mir aus den Ergebnissen ein data.frame zusammen (z. B. Means, CI, p.value, contrast) den ich dann nutze um das mit ggplot zu plotten.

Ggplot ist nunmal zum plotten gemacht und weniger zum rechnen..
Bitte immer ein reproduzierbares Minimalbeispiel angeben. Meinungen gehören mir und geben nicht die meines Brötchengebers wieder.

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Bild.

willi
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Re: Signifikanzen in ggplot2

Beitrag von willi » Di Jul 24, 2018 11:57 am

Hi das klingt gut.
ich habe jetzt mal mit compare_means aus dem ggpubr Package alle P-Werte berechnet und würde dies enun gerne in meine Boxplots einfügen.

Code: Alles auswählen

> compare_means(Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. ~ Vater,  data = os_test, ref.group = ".all.", method = "t.test")
# A tibble: 20 x 8
   .y.                               group1 group2            p      p.adj p.format p.signif method
   <chr>                             <chr>  <chr>         <dbl>      <dbl> <chr>    <chr>    <chr> 
 1 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22287  0.926        1          0.92570  ns       T-test
 2 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22172  0.000207     0.00311    0.00021  ***      T-test
 3 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22140  0.00000581   0.000105   5.8e-06  ****     T-test
 4 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22131  0.000327     0.00426    0.00033  ***      T-test
 5 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22123  0.0000783    0.00125    7.8e-05  ****     T-test
 6 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22118  0.0000000871 0.00000174 8.7e-08  ****     T-test
 7 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22104  0.494        1          0.49351  ns       T-test
 8 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22099  0.0711       0.329      0.07114  ns       T-test
 9 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22056  0.00982      0.0720     0.00982  **       T-test
10 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  22010  0.00155      0.0161     0.00155  **       T-test
11 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29459  0.00149      0.0161     0.00149  **       T-test
12 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29444  0.621        1          0.62100  ns       T-test
13 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29403  0.000225     0.00315    0.00022  ***      T-test
14 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29250  0.000990     0.0119     0.00099  ***      T-test
15 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29214  0.00900      0.0720     0.00900  **       T-test
16 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29176  0.0188       0.113      0.01881  *        T-test
17 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29167  0.0658       0.329      0.06577  ns       T-test
18 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29075  0.0000100    0.000170   1.0e-05  ****     T-test
19 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29046  0.00000306   0.0000581  3.1e-06  ****     T-test
20 Biegespannung.b..max..Kraft..Mpa. .all.  29025  0.00147      0.0161     0.00147  **       T-test
Wie wäre das denn dann wohl möglich, dass die Sternchen über dem jeweiligen Plot erscheinen?

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