p-Wert und CI-Verwirrung bei fisher.test

[bigben]

Hallo,

drüben im statistik-forum hat gerade jemand nach Auswertungsmöglichkeiten gefragt, der eine Kontingenztabelle erhoben hat (hier nicht wichtige Details unter http://www.statistik-forum.de/allgemein ... 12079.html ). Tabelle und Exakter Test nach Fisher sehen so aus:

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m <- matrix(c(1,309, 2, 44), nrow=2)
rownames(m) <- c("tot", "lebend")
colnames(m) <- c("ohneOP", "mitOP")
fisher.test(m)

im Ergebnis

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> fisher.test(m)

	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  m
p-value = 0.04507
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
 0.00121036 1.41309680
sample estimates:
odds ratio 
0.07218669 

Und damit werde ich gerade allein nicht fertig: Der p-Wert sagt, dass die odds ratio nicht eins ist aber das Konfidenzintervall umfasst die eins. Ich dachte beides schlösse sich aus.

Ich bitte um Erleuchtung!
Bernhard

[EDi]

Ich bitte um Erleuchtung!

Schalte das Licht an und du wirst erleuchtet sein - so oder so ähnlich steht es in einem alten Buch

Erleuchtung und Details bringt:

https://cran.r-project.org/web/packages ... act2x2.pdf

Wieder was gelernt (woher soll man da auch wissen?)...

[bigben]

Erleuchten ist aber nochmal was anderes als Beleuchten. Ansonsten kann ich nur sagen: Boah
Damit habe ich nicht gerechnet und jetzt ist mein Urvertrauen gestorben. So eine grundlegende Funktion in R und ein so massiver Bug, der zwar bekannt aber nicht in der Funktionsdokumentation erwähnt ist?

Danke EDi, für heute bist Du mein Held und über den Rest muss ich eine Nacht schlafen.

LG,
Bernhard

[EDi]

Hmm, es wird immerhin auf exact2x2 in der Hilfe hingewiesen.

So eine grundlegende Funktion in R und ein so massiver Bug, der zwar bekannt

Könnte man ja mal berichten: https://bugs.r-project.org/bugzilla/ mal schauen was die Gemeinde dazu sagt.

[bigben]

Hmm, es wird immerhin auf exact2x2 in der Hilfe hingewiesen.

Das habe ich nicht gesehen - "Arguments", "Details" und "Value" habe ich vor meinem Post in Ruhe gelesen. Dass da unter "See also" noch was kommt, was für die Interpretation so wichtig ist, damit hab ich nicht gerechnet.

Könnte man ja mal berichten: https://bugs.r-project.org/bugzilla/ mal schauen was die Gemeinde dazu sagt.

Wenn die Gemeinde so nett ist wie hier oder so nett, wie das fortunes Paket das vermuten lässt, dann überlass ich das lieber den Leuten, die von Statistik wirklich was verstehen. Ich könnte ja sowieso keine Position vertreten/verteidigen. Ich bin ja nur Nutzer und will gar nicht so genau verstehen, warum ein nicht zum p-Wert passendes Konfidenzintervall die richtige Wahl sein soll. Ich will was plausibles benutzen.

Und da habe ich gelernt, dass ich statt fisher.test zukünftig vielleicht besser exact2x2::exact2x2, statt binom.test lieber exactci::binom.exact und statt poisson.test lieber exactci::poisson.exact und statt mcnemar.test lieber exactci::mcnemar.exact nehme, weil ich dann frei wählen kann, ob ich p-Werte, Konfidenzintervalle oder beides berichte, ohne dass sich das Ergebnis ändert.

Man sollte vielleicht eine systematische Sammlung solcher Quirks zusammentragen. "The R Inferno Teil II - was Dein Statistikbuch Dir nicht erzählt".

LG,
Bernhard

[EDi]

Ich muss gestehen, ich glaube ich hab alle diese Tests bisher noch nicht benutzt

[EDi]

Wenn die Gemeinde so nett ist wie hier oder so nett, wie das fortunes Paket das vermuten lässt, dann überlass ich das lieber den Leuten, die von Statistik wirklich was verstehen. Ich könnte ja sowieso keine Position vertreten/verteidigen. Ich bin ja nur Nutzer und will gar nicht so genau verstehen, warum ein nicht zum p-Wert passendes Konfidenzintervall die richtige Wahl sein soll. Ich will was plausibles benutzen.

Ach, davon sollten man sich nicht abschrecken lassen. Ist auch schon 10 Jahre her und hat sich gebessert.

Schau mal was in der neuesten Version gefixt wurde:

https://bugs.r-project.org/bugzilla/sho ... i?id=16184
https://bugs.r-project.org/bugzilla/sho ... i?id=16100

Ich will gar nicht wissen, wie viele Fehler in closed-source software gibt...